probeBase

• University of Vienna, Department of Microbiology and Ecosystem Science

rRNA を標的としたオリゴヌクレオチドプローブおよびプライマーに関する手作業でメンテナンスおよびキュレーションされたデータベースです。各オリゴヌクレオチドエントリーについて、最新の rRNA 配列データベースを用いて、in silico(コンピュータ上)でハイブリダイゼーション性能を評価する上での関連情報および複数のオプションを提供します。生物種のタキソノミー、種の特性、ターゲットrRNA、配列、位置、GC含有率、文献などを含んでいます。NCBI 分類群データベースに従ったプローブおよびプライマーの分類を利用して、対象となる生物、プローブ名、プライマー、ターゲット部位、および参考文献を検索することができます。probeBase マッチツールを使用して、ほぼ完全な長さの rRNA 配列を probeBase とマッチさせるとともにその照会配列を標的とするすべての公開プローブを見つけることができます。また、新しいプロキシマッチツールは、この分析を部分的な rRNA 配列に拡張し、 rRNA 配列データベース SILVA の全長配列を利用して部分的なクエリー配列を標的とする可能性がある公開プローブを見つけることができます。新規または欠落しているプローブ配列またはリファレンスを送信するツールが備わっており、これが本データベースを最新の状態に保つ上で役立ちます。