資源
J-GLOBAL ID:202010002487329782
研究資源コード:NBDC02006
更新日:2020年07月09日
HGTree
HGTree
保有機関:
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Comsats Institute of Information Technology (CIIT)
-
Seoul National University
資源分類:
データ・データベース
タグ【対象】 (3件):
ゲノム/遺伝子
, RNA
, 個体/種
タグ【データの種類】 (1件):
生物分類
生物種 (2件):
Archaea (NCBI Taxonomy ID: 2157)
, Bacteria (NCBI Taxonomy ID: 2)
概要:
完全に配列決定された原核生物ゲノムを対象に、推定によるゲノムワイド水平遺伝子導入(HGT:horizontal gene transfer)情報を提供するデータベースです。明示的な系統樹再構築進化モデルに基づき、各オーソログ遺伝子セットの系統樹と、それに対応する 16S rRNA による種の系統樹との間の矛盾を評価することによりHGTを検出しています。各HGTごとにタンパク質名、遺伝子機能、関連の強いゲノムのリストと系統ツリーが表示されます。本データベース上では、数百の原核生物を対象として、ゲノム中の HGT 関連遺伝に迅速かつ容易にアクセスすることができる他、ユーザーがカスタマイズしたデータセット、遺伝子、およびゲノム配列から HGT を検出する機能を利用することができます。本データベースは自由に利用でき、ゲノム情報が急速に増加した場合にもそれに合わせて容易に拡大や縮小、更新することができます。
作成機関:
FAIRsharing
レコード管理者:
See the corresponding part in the FAIRsharing record
本レコードの利用条件:
Creative Commons Attribution and Share-alike (CC-BY-SA) International 4.0 license
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