ModBase database of comparative protein structure models: ModBase

• Laboratory of Andrej Sali, University of California at San Francisco (UCSF)

アノテーションが付されたタンパク質構造比較モデルのデータベースです。モデルは、MODELLERプログラム(http://salilab.org/modeller/)に基づいた、自動モデリングパイプライン ModPipe を用いて計算しています。配列から理論的に計算で得られたタンパク質構造モデルについて、生物種、機能アノテーション、3次元画像に加えて、推定リガンド結合部位、SNP注釈、およびタンパク質間相互作用に関する情報も収録しています。また、モデルがカバーする配列領域が生物種ごとに一覧で表示されます。ユーザーは、ModWeb モデリングサーバー(http://salilab.org/modweb)へのインターフェイスを介して、オンデマンドで比較モデルを計算またはアップデートできます。ModBaseモデルは、Protein Model Portal(http://www.proteinmodelportal.org/)からも入手できます。