資源
J-GLOBAL ID:202010008050767576   研究資源コード:NBDC01690 更新日:2019年10月10日

HOmo sapiens transcription factor COmprehensive MOdel COllection (HOCOMOCO): HOCOMOCO

HOmo sapiens transcription factor COmprehensive MOdel COllection (HOCOMOCO): HOCOMOCO
保有機関:
  • Institute of Systems Biology Ltd
  • King Abdullah University of Science and Technology (KAUST)
  • Vavilov Institute of General Genetics, Russian Academy of Sciences
資源分類: データ・データベース
タグ【対象】 (2件): タンパク質 ,  ゲノム/遺伝子
タグ【データの種類】 (1件): 相互作用/パスウェイ
生物種 (2件): Homo sapiens (NCBI Taxonomy ID: 9606) ,  Mus musculus (NCBI Taxonomy ID: 10090)
概要:
601 のヒト転写因子(TF)および 396 のマウス TF に対する TF 結合モデルを提供するデータベースです。基本的なモノヌクレオチド位置重量マトリックス(PWM)の他、ChIP-Seqデータに基づいてジヌクレオチド位置重量マトリックス一式を提供しています。

全てのモデルは、ChIPMunk モチーフ探索ツールによって生成されたものです。各モデルには、モデルの品質評価結果(ベンチマーク研究に基づく、またはHOCOMOCO v9 から継承されたもの)を割り当てた上で、手動でキュレーションされています。モチーフ探索のための ChIP-Seq データは、BioUML プラットフォームの GTRD データベースから抽出されます。GTRD データベースからは、HOCOMOCO モデルによるモチーフ探索(配列スキャニング)インターフェースも提供します。TF と結合する DNA 領域の他の配列は、既存のデータベースおよび他の公的データから収集したものです。各 TF に対し適切な TFBS モデルを選択した上で、関連する TF には類似するモデルを選択しています。

モチーフ探索に使用された全ての TFBS モデルおよび初期結合セグメントのデータは、UniProt ID にマッピングされています。TF コード遺伝子は、GeneCards エントリーにリンクされています。DNA 結合ドメインは TF クラスデータベースにリンクされています。
作成機関: FAIRsharing
レコード管理者: See the corresponding part in the FAIRsharing record
本レコードの利用条件: Creative Commons Attribution and Share-alike (CC-BY-SA) International 4.0 license

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