HOmo sapiens transcription factor COmprehensive MOdel COllection (HOCOMOCO): HOCOMOCO

• Institute of Systems Biology Ltd
• King Abdullah University of Science and Technology (KAUST)
• Vavilov Institute of General Genetics, Russian Academy of Sciences

ヒト転写因子(TF)およびマウス TF に対する TF 結合モデルを提供するデータベースです。基本的なモノヌクレオチド位置特異的マトリックス(PWM)の他、ChIP-Seqデータに基づいてジヌクレオチドPWM一式を提供しています。
全てのモデルは、ChIPMunk モチーフ探索ツールによって生成されたものです。モチーフ探索のための ChIP-Seq データは、BioUML プラットフォームの GTRD データベースから抽出されます。また、HOCOMOCO モデルによるモチーフ探索(配列スキャニング)インターフェースも提供します。TF と結合する DNA 領域の他の配列は、既存のデータベースおよび他の公的データから収集したものです。各 TF に対し適切な TFBS モデルを選択した上で、関連する TF には類似するモデルを選択しています。
モチーフ探索に使用された全ての TFBS モデルおよび初期結合セグメントのデータは、UniPROT ID にマッピングされています。TF コード遺伝子は、GeneCards エントリーにリンクされています。DNA 結合ドメインは TF クラスデータベースにリンクされています。