MAPPER-2: mapperdb

• University of Florida

3つのゲノムにおける遺伝子の上流ノンコーディング配列データ情報を掲載し、転写因子結合部位(TFBS)に関する知見を提供するデータベースです。各転写について、スキャンされた領域は転写が開始される上流 10,000bp から配列コーディングが開始される下流 50bp にわたります。したがって、データベースには、遺伝子プロモーターにおける、および初期のイントロンおよびノンコーディングエクソンにおける推定結合部位が含まれます。各推定結合部位について提示される情報には、転写因子名、その位置(染色体上の絶対的位置または遺伝子の相対的位置)、予測スコア、および部位が属する遺伝子の領域などがあります。選択された遺伝子が他の2種類の生物において相同体を有する場合、このプログラムはオプションでその総胴体における推定 TFBS を表示することができます。