資源
J-GLOBAL ID:202010011436465664   研究資源コード:NBDC02505 更新日:2020年03月10日

NGS-QC: Next Generation Sequencing Quality Control Generator

NGS-QC: Next Generation Sequencing Quality Control Generator
保有機関:
  • Institute of Genetics and Molecular and Cellular Biology
資源分類: データ・データベース
タグ【対象】 (5件): ゲノム/遺伝子 ,  エピジェネティクス ,  DNA ,  RNA ,  タンパク質
タグ【データの種類】 (2件): 発現 ,  相互作用/パスウェイ
生物種 (10件): Arabidopsis thaliana (NCBI Taxonomy ID: 3702) ,  Caenorhabditis elegans (NCBI Taxonomy ID: 6239) ,  Danio rerio (NCBI Taxonomy ID: 7955) ,  Drosophila melanogaster (NCBI Taxonomy ID: 7227) ,  Gallus gallus (NCBI Taxonomy ID: 9031) ,  Homo sapiens (NCBI Taxonomy ID: 9606) ,  Mus musculus (NCBI Taxonomy ID: 10090) ,  Pan troglodytes (NCBI Taxonomy ID: 9598) ,  Rattus norvegicus (NCBI Taxonomy ID: 10116) ,  Saccharomyces cerevisiae (NCBI Taxonomy ID: 4932)
概要:
NGS-QC databaseはChIP-seqおよびターゲットエンリッチメントNGSデータのquality control (QC)情報を集めたデータベースです。GEOなどの公開データベースから8万件以上のデータセットを格納しています。生物種やターゲット分子、QCの信頼度などによる検索が行なえます。検索結果はscatter plot上に表示され、異なるデータセット間のQCの信頼度を比較することができます。
NGSデータからのQC予測・評価システムNGS-QC GeneratorはウェブベースプラットフォームGalaxyで利用できるツールとして公開されており、ユーザーは自身のNGSデータを解析し、データベース登録データとの比較を行なうことができます。
他に、クロマチン相互作用解析(HiC, ChIAPET, 4C-seqなど)を対象とした品質スコアのデータベースLOGIQA database、および、ゲノムデータにアクセスできるQC Genomicsなどのコンテンツも利用できます。
作成機関: NBDC
レコード管理者: Integbio Database Catalog
本レコードの利用条件: Creative Commons CC0 license

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