Whole-Cell Knowledge Base: WholeCellKB

• Karr Lab, Institute for Multiscale Biology & Genomics

全細胞モデルを実現するべく設計された、モデル生物データベースのオープンアクセスコレクションです。現在、グラム陽性細菌で一般的なヒト病原体であるマイコプラズマ・ジェニタリウムのデータベースが収録されています。マイコプラズマ・ジェニタリウムデータベースは、900以上の主要な研究論文、レビュー、書籍、データベースから染色体、転写ユニット、遺伝子、代謝物質、タンパク質、転写調節、反応、パスウェイなど包括的な情報を収録しています。また、BioCyc、KEGG、UniProtを含む外部のリソースと広く相互参照しています。WholeCellKB は、モデル生物データベースを構築するためのオープンソースのWebベースのソフトウェアプログラムも提供しています。WholeCellKB ソフトウェアは、個々の種を完全に記述する広範で自由にカスタマイズ可能なデータモデル(各遺伝子、タンパク質、反応、およびパスウェイ構造および機能を含む)を提供します。ウェブベースのユーザーインターフェイスや、RESTful ウェブサービスを介し、自由にアクセスできます。