MSigDB: Molecular Signatures Database

• Broad Institute, Inc.
• UC San Diego

遺伝子発現のエンリッチメント解析をするための元になる遺伝子セットをまとめたコレクションです。2つの生物学的状態間で遺伝子セットに統計的に有意な差があるかどうかを判断するソフトウェア Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) で使用されています。コレクションは大きく9つに分類されています;
1) Hall mark gene sets:よく知られた生物学的状態やプロセスを表しまとまった発現を示す遺伝子セット
2) Positional gene sets: 染色体や染色体状のバンドごとに対応する遺伝子セット
3) Curated gene sets: 公共のパスウェイデータ、論文、ドメインなどでキュレートされた遺伝子セット
4) Motif gene sets: 転写因子やmiRNAによって発現制御される候補遺伝子セット
5) Computational gene sets: 癌由来の大量マイクロアレイデータの解析で定義された遺伝子セット
6) GO gene sets: Gene Ontologyでアノテーションされた遺伝子セット
7) Oncogenic gene sets: 癌でしばしば制御不能になる代謝系の特徴をもつ遺伝子セット
8) Immunologic gene sets: 細胞状態を現し、免疫系内での揺らぎを示す遺伝子セット
9) Cell type signature gene sets: ヒト組織の単一細胞シーケンシングにより定義された細胞タイプに対するキュレートされた一群のマーカーを含む遺伝子セット
データは、キーワードによる検索や遺伝子セット名、コレクション名からのブラウズが可能です。各遺伝子セットに含まれる遺伝子リストはgrp、text、gmt、gmx、xmlのフォーマットでダウンロードできます。