EncoMPASS: Encyclopedia of Membrane Proteins Analyzed by Structure and Symmetry

保有機関：

National Institute of Neurological Disorders & Stroke

資源分類：データ・データベース

タグ【対象】 (1件)：タンパク質

タグ【データの種類】 (3件)：配列 , 3D構造 , 相互作用/パスウェイ

生物種 (1件)： All (NCBI Taxonomy ID: 1)

概要：

既知の膜タンパク質を、配列、構造、四次構造および内部対称性の観点から関連付けるデータベースです。すべての膜貫通PDBエントリ、およびそこに含まれるすべての膜貫通チェーン個々に対して、構造と配列の両方の類似性による、内在性膜タンパク質間の関係分析と内在性膜タンパク質構造の対称性分析を行なっています。X線決勝構造解析の分解能3.5Å以下のデータのみを対象としています。各エントリには以下のようなデータが収録されています。
1)各膜タンパク質構造の生物学的ユニットに関する一般情報(チェーン数、アミノ酸数、解像度など)
2)生物学的ユニットに含まれるチェーンのリストと、データベース内の他の構造との関係(構成部位、種類、TMドメイン数など)
3)2つの対称性検出プログラム(CE-Symm、SymD)からの出力データ(順番、角度、RMSDなど)
4)SymDおよびCE-Symmをデフォルトやカスタマイズされたパラメーターで処理して得られたときの結果(チェーン順、角度、TMスコア、繰り返し数など)

作成機関： NBDC

レコード管理者： Integbio Database Catalog

本レコードの利用条件： Creative Commons CC0 license

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