資源
J-GLOBAL ID:202010017923641263   研究資源コード:NBDC02112 更新日:2019年03月29日

Termini-Oriented Protein Function INferred Database: TopFIND

Termini-Oriented Protein Function INferred Database: TopFIND
資源分類: データ・データベース
生物種 (5件): Arabidopsis thaliana (NCBI Taxonomy ID: 3702) ,  Escherichia coli (NCBI Taxonomy ID: 562) ,  Homo sapiens (NCBI Taxonomy ID: 9606) ,  Mus musculus (NCBI Taxonomy ID: 10090) ,  Saccharomyces cerevisiae (NCBI Taxonomy ID: 4932)
概要:
タンパク質末端のアノテーションを収録したデータベースです。現在第3版です。非カノニカルなタンパク質末端は、翻訳前プロセス(代替スプライシングや代替翻訳開始など)またはプロテアーゼによる翻訳後タンパク質加工(タンパク質成熟の一部、または調節修飾としてのとしてのプロテアーゼの切断)など、複数の異なる生物学的プロセスの結果として生じうるものです。したがって、TopFIND のタンパク質末端のエビデンスは、次のような他のデータベースから推論されています:ENSEMBL(転写)、TISdb (代替翻訳開始)、 MEROPS(プロテアーゼによるタンパク質切断)、および UniProt (カノニカルおよびタンパク質アイソフォームの開始部位)。さらに、ユーザが提出した末端リストから末端にアノテーションが付けられるとともに、ユーザが提出した切断部位のリストから末端が推測されます。タンパク質中心のデータベースとして、TopFIND は各タンパク質アイソフォームにウェブサイトを提供します(UniProt アクセッションコード周辺に構築)。これらのウェブサイトは、タンパク質に関する一般的な情報(生物、染色体の位置、およびタンパク質配列など)を含みます。次に、各タンパク質についての位置情報の一覧(特定の末端のエビデンス、既知の切断部位、配列の特徴およびドメインなど)が提示されます。さらに、TopFIND は、プロテアーゼウェブとの関連から各プロテインを示しています。プロテアーゼウェブとは、プロテアーゼとその阻害剤のネットワークであり、このネットワークの中で他のプロテアーゼおよびその阻害剤を切断してその活性に影響を及ぼすことができます。TopFIND のすべての情報は、TopFIND のデータの起源に関する豊富なアノテーションに基づく強力なフィルタエンジンによって、フィルタリングすることができます。TopFIND は、PSICQUIC または XML API を使用してプログラムで照会することもできます。最近、 TopFIND データに迅速にアクセスし、末端リスト(例えば、プロテオミクス末端スクリーン [terminomics] により得られたもの)を参照することができるソフトウェアツールが開発されました。TopFIND Explorer の "TopFINDer" は、末端のエビデンス、一次および非一次配列、および切断によって影響を受けるタンパク質ドメインなど、タンパク質末端に関する位置特異的タンパク質情報のレポートを提示します。TopFINDer はさらに、既知のプロテアーゼによるタンパク質切断の統計量について、サマリーをレポートします。PathFINDer は、クエリプロテアーゼから同定された、タンパク質基質へのタンパク質分解経路のレポートを提供します。このことで、直接的および間接的なプロテアーゼ基質の区別を可能にし、既存の情報に基づいて経路に関するメカニズム的な洞察をもたらす第2のツールです。
作成機関: FAIRsharing
レコード管理者: See the corresponding part in the FAIRsharing record
本レコードの利用条件: Creative Commons Attribution and Share-alike (CC-BY-SA) International 4.0 license

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