Trips-Viz

保有機関：

University College Cork

資源分類：データ・データベース

タグ【対象】 (2件)：ゲノム/遺伝子 , RNA

タグ【データの種類】 (1件)：発現

生物種 (8件)： Caenorhabditis elegans (NCBI Taxonomy ID: 6239) , Drosophila melanogaster (NCBI Taxonomy ID: 7227) , Escherichia coli (NCBI Taxonomy ID: 562) , Homo sapiens (NCBI Taxonomy ID: 9606) , Mus musculus (NCBI Taxonomy ID: 10090) , Rattus norvegicus (NCBI Taxonomy ID: 10116) , Saccharomyces cerevisiae (NCBI Taxonomy ID: 4932) , Schizosaccharomyces pombe (NCBI Taxonomy ID: 4896)

概要：

Trips-vizは、リボソームプロファイリング (Ribo-Seq) データについて様々な可視化ツールを備えたデータベースです。公的に利用できるリボソームプロファイリングデータとRNA-seqデータセットをSRAからダウンロードして作成しています。生物種を選択し、下記のプロットの種類を選択すると、目的に応じたデータをグラフとして見ることができます。
(1)Single transcript plot; 1つの転写物にコドンのフレームをずらして表示したリボソームプロファイリングデータをまとめて可視化する
(2)Single transcript comparison plot; 1つの転写物に対して異なるサンプルから得たデータをプロットし比較する
(3)Meta-Information; データセットからメタ情報を得る
(4)Differential plot; 発現量の変化した遺伝子を見つける
ユーザ自身のデータをアップロードすることもできます。

作成機関： NBDC

レコード管理者： Integbio Database Catalog

本レコードの利用条件： Creative Commons CC0 license

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