LncACTdb 3.0

• College of Bioinformatics Science and Technology, Harbin Medical University

ceRNAs (competing endogenous RNAs) の相互作用のデータベースです。手動でキュレート、もしくは予測されたceRNAsについて、ceRNAとなるRNAと、これらと結合するmiRNAの情報、由来生物種や組織・細胞株の情報、関連形質・疾患、実験方法、参考文献、機能に関する情報を収録しています。ceRNAsとしては、内因的に生成された分子(lncRNA、環状RNA、コード遺伝子、偽遺伝子を含む)および外因的に導入された分子(ウイルスRNA、人工的に操作されたRNAを含む)を含んでいます。予測されたceRNAと実験的に同定されたceRNAに分けて検索、ブラウズが可能です。また、疾患、バイオマーカーに絞り込んだ検索も可能です。ブラウズではceRNAのタイプや、ceRNA、miRNA、生物種、形質・疾患を選んでデータを絞ることができます。また、BLAST検索もできます。ユーザがRNA情報を入力して機能を閲覧したり、生存性解析、ceRNAネットワーク表示を行うツールや、発現プロファイルを入力して機能的なceRNAを探すツールなどの解析ツールも多数用意されています。