安藤嘉倫

ANDOH Yoshimichi

所属機関・部署：

研究分野 (4件)：生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 , 基礎物理化学 , ウイルス学 , 高性能計算

研究キーワード (8件)：分子動力学計算 , 自己組織化分子集合体 , 界面物性 , 生体膜 , 脂質二重層膜 , ウィルスカプシド , 並列化プログラミング , ハイパフォーマンスコンピューティング

競争的資金等の研究課題 (6件)：

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論文 (30件)：

Yoshimichi Andoh, Shin-ichi Ichikawa, Tatsuya Sakashita, Kazushi Fujimoto, Noriyuki Yoshii, Tetsuro Nagai, Zhiye Tang, Susumu Okazaki. An exa-scale high-performance molecular dynamics simulation program: MODYLAS. The Journal of Chemical Physics. 2023. 158. 19
Yoshimichi Andoh. Algorithm to minimize MPI communications in the parallelized fast multipole method combined with molecular dynamics calculations. Journal of computational chemistry. 2021. 42. 15. 1073-1087
Yoshii, N., Andoh, Y., Okazaki, S. Fast multipole method for three-dimensional systems with periodic boundary condition in two directions. Journal of Computational Chemistry. 2020. 41. 9
Andoh, Y., Yoshii, N., Okazaki, S. Extension of the fast multipole method for the rectangular cells with an anisotropic partition tree structure. Journal of Computational Chemistry. 2020. 41. 14
Andoh, Y., Hayakawa, S., Okazaki, S. Molecular dynamics study of lipid bilayers modeling outer and inner leaflets of plasma membranes of mouse hepatocytes. I. Differences in physicochemical properties between the two leaflets. Journal of Chemical Physics. 2020. 153. 3

MISC (117件)：

安藤嘉倫. OpenMP SIMDディレクテブ挿入による第一原理計算プログラムCONQUESTの高速化 II:gemmコードとの性能比較. 分子シミュレーション討論会講演要旨集. 2021. 35th (CD-ROM)
安藤嘉倫. ソフトウェア紹介:MODYLAS. アンサンブル. 2020. 22. 2
安藤嘉倫. OpenMP SIMDディレクテブ挿入による第一原理計算プログラムCONQUESTの高速化. 分子シミュレーション討論会講演要旨集. 2020. 34th (CD-ROM)
伊藤有毅, 安藤嘉倫, 岡崎進, 岡崎進. 分子動力学法を用いたナノチャンネル内における負圧下での水の安定性メカニズムの解明. 分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web). 2019. 13th
安藤嘉倫, 早川志保, 岡崎進. 非対称な脂質組成を持った脂質二重層膜内での脂質分子側方凝集に関する理論的研究. 分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web). 2019. 13th

書籍 (4件)：

化学便覧基礎編改訂6版
丸善出版 2021 ISBN:9784621305218
計算科学のためのHPC技術
大阪大学出版会 2017 ISBN:9784872595864
ケイサンブッシツカガク
学研プラス 2016
The Art of High Performance Computing for Computational Science: Advanced Techniques and Examples for Materials Science: Vol 2
スプリンガー・シンガポール 2009

講演・口頭発表等 (101件)：

OpenMP SIMDディレクテブ挿入による第一原理計算プログラムCONQUESTの高速化 II:gemmコードとの性能比較
(分子シミュレーション討論会講演要旨集 2021)
Large-scale molecular dynamics simulations of biomolecular assemblies
(Frontiers of Computational Physics from meV to MeV 2020)
OpenMP SIMDディレクテブ挿入による第一原理計算プログラムCONQUESTの高速化
(分子シミュレーション討論会講演要旨集 2020)
親水性壁に挟まれた負圧下にある水液膜内の分子構造およびダイナミクスに関する研究
(分子シミュレーション討論会講演要旨集 2019)
次期スパコン「富岳」での大規模・長時間分子動力学計算実現のためのソフトウェアMODYLASの性能向上
(分子シミュレーション討論会講演要旨集 2019)

Works (1件)：

汎用分子動力学計算ソフトウェアMODYLAS
Yoshimichi Andoh, Noriyuki Yoshii, Kazushi Fujimoto, Hidekazu Kojima, Atsushi Yamada, Susumu Okazaki, Kensuke Iwahashi, Fumiyasu Mizutani 2013 - 現在

経歴 (1件)：

委員歴 (8件)：

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受賞 (1件)：

2017/11 - 分子シミュレーション研究会分子シミュレーション学会学術賞分子動力学計算による自己組織化分子集合体の物性に関する研究および高並列対応汎用分子動力学計算ソフトウェア MODYLAS の開発

所属学会 (2件)：

分子科学会 , 分子シミュレーション学会

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安藤 嘉倫