研究者
J-GLOBAL ID:202101014211741613   更新日: 2024年03月08日

林 周斗

ハヤシ シュウト | Hayashi Shuto
所属機関・部署:
職名: 准教授
ホームページURL (1件): http://www.shimamlab.info/
研究分野 (2件): 生命、健康、医療情報学 ,  システムゲノム科学
研究キーワード (3件): バイオインフォマティクス ,  深層学習 ,  ベイズ統計学
競争的資金等の研究課題 (3件):
  • 2022 - 2027 深層学習を用いた高速タンパク質構造サンプリング手法の開発
  • 2023 - 2025 マウス発生休止胚において、再発生能の有無を予測する技術と付与する技術の創出
  • 2022 - 2025 深層学習を用いた高速分子動力学シミュレーション手法の開発
論文 (16件):
  • Yasuhiro Kojima, Shinji Mii, Shuto Hayashi, Haruka Hirose, Masato Ishikawa, Masashi Akiyama, Atsushi Enomoto, Teppei Shimamura. Single-cell colocalization analysis using a deep generative model. Cell Systems. 2024. 15. 2. 180-192.e7
  • Yuta Kobayashi, Atsushi Niida, Satoshi Nagayama, Koichi Saeki, Hiroshi Haeno, Kazuki K. Takahashi, Shuto Hayashi, Yuki Ozato, Hideyuki Saito, Takanori Hasegawa, et al. Subclonal accumulation of immune escape mechanisms in microsatellite instability-high colorectal cancers. British Journal of Cancer. 2023. 129. 7. 1105-1118
  • Jun Koseki, Shuto Hayashi, Yasuhiro Kojima, Haruka Hirose, Teppei Shimamura. Topological data analysis of protein structure and inter/intra- molecular interaction changes attributable to amino acid mutations. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2023. 21. 2950-2959
  • Yuki Ozato, Yasuhiro Kojima, Yuta Kobayashi, Yuuichi Hisamatsu, Takeo Toshima, Yusuke Yonemura, Takaaki Masuda, Kouichi Kagawa, Yasuhiro Goto, Mitsuaki Utou, et al. Spatial and single-cell transcriptomics decipher the cellular environment containing HLA-G+ cancer cells and SPP1+ macrophages in colorectal cancer. Cell Reports. 2023. 42. 1. 111929-111929
  • Shuto Hayashi, Jun Koseki, Teppei Shimamura. Bayesian statistical method for detecting structural and topological diversity in polymorphic proteins. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2022. 20. 6519-6525
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MISC (29件):
  • 小関準, 小嶋泰弘, 林周斗, 廣瀬遥香, NAM Hyunha, 島村徹平. アミノ酸変異によるタンパク質立体構造変化のトポロジカルデータ解析. 分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web). 2021. 15th
  • Matthew H. Bailey, William U. Meyerson, Lewis Jonathan Dursi, Liang-Bo Wang, Guanlan Dong, Wen-Wei Liang, Amila Weerasinghe, Shantao Li, Yize Li, Sean Kelso, M, et al. Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples. Nature Communications. 2020. 11. 1. 4748-4748
  • Constance H. Li, Stephenie D, Prokopec, Ren X. Sun, Fouad Yousif, Nathaniel Schmitz, PCAWG Tumour Subtypes Clinical Translation, Paul C. Boutros, PCAWG Consortium. Sex differences in oncogenic mutational processes. Nature Communications. 2020. 11. 1. 4330-4330
  • 橋本 至, 加藤 洋人, 林 周斗, 河村 大輔, 大島 貴, 利野 靖, 益田 宗孝, 石川 俊平. 凍結臨床試料を用いたシングルセルRNA-seq法の確立. 日本衛生学雑誌. 2020. 75. Suppl. S187-S187
  • 古谷 弦太, 加藤 洋人, 林 周斗, 河村 大輔, 石川 俊平. ヒト胃癌環境における主要な抗体クローンとして同定された抗硫酸化グリコサミノグリカン抗体の解析. 日本衛生学雑誌. 2020. 75. Suppl. S202-S202
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書籍 (2件):
  • Analyzing Antibody Repertoire Using Next-Generation Sequencing and Machine Learning.
    Humana 2022
  • 論文図表を読む作法 : はじめて出会う実験&解析法も正しく解釈! : 生命科学・医学論文をスラスラ読むためのFigure事典
    羊土社 2022 ISBN:9784758122603
講演・口頭発表等 (8件):
  • 分子動力学シミュレーション高速化のための深層学習手法
    (第12回生命医薬情報学連合大会 2023)
  • Acceleration of molecular dynamics simulation using deep learning
    (The 31st Annual Intelligent Systems for Molecular Biology and the 22nd Annual European Conference on Computational Biology 2023)
  • ヒトB細胞レパトアにおける網羅的構造多様性解析
    (第91回 日本衛生学会学術総会 2021)
  • 分子動力学を用いた抗体構造ランドスケープ解析
    (第5回 理論免疫学ワークショップ 2021)
  • ヒト抗体における網羅的構造多様性解析
    (第9回 生命医薬情報学連合大会 2020)
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学歴 (3件):
  • 2016 - 2019 東京大学 大学院情報理工学系研究科 コンピュータ科学専攻 博士課程
  • 2014 - 2016 東京大学 大学院情報理工学系研究科 コンピュータ科学専攻 修士課程
  • 2010 - 2014 東京大学 理学部 情報科学科
学位 (1件):
  • 博士(情報理工学) (東京大学)
経歴 (4件):
  • 2023/04 - 現在 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 計算システム生物学分野 准教授
  • 2023/01 - 2023/04 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 計算システム生物学分野 プロジェクト准教授
  • 2021/04 - 2022/12 名古屋大学 大学院医学系研究科 システム生物学分野 特任准教授
  • 2019/04 - 2021/03 東京大学 大学院医学系研究科 衛生学分野 助教
所属学会 (3件):
日本バイオインフォマティクス学会 ,  International Society for Computational Biology ,  日本衛生学会
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