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J-GLOBAL ID：202102210876543827   整理番号：21A0293199

セネガルにおけるマルチプレックスアンプリコンディープシークエンシングによるPlasmodium falciparumの分子疫学【JST・京大機械翻訳】

Molecular epidemiology of Plasmodium falciparum by multiplexed amplicon deep sequencing in Senegal

著者 (18件)： Ndiaye Tolla (Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Universite Cheikh Anta Diop de Dakar (UCAD), Hopital Aristide Le Dantec, Dakar, Senegal) ,  Sy Mouhamad (Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Universite Cheikh Anta Diop de Dakar (UCAD), Hopital Aristide Le Dantec, Dakar, Senegal) ,  Gaye Amy (Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Universite Cheikh Anta Diop de Dakar (UCAD), Hopital Aristide Le Dantec, Dakar, Senegal) ,  Siddle Katherine J. (Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, USA) ,  Park Daniel J. (Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, USA) ,  Bei Amy K. (Yale School of Public Health, New Haven, USA) ,  Deme Awa B. (Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Universite Cheikh Anta Diop de Dakar (UCAD), Hopital Aristide Le Dantec, Dakar, Senegal) ,  Mbaye Aminata (Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Universite Cheikh Anta Diop de Dakar (UCAD), Hopital Aristide Le Dantec, Dakar, Senegal) ,  Dieye Baba (Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Universite Cheikh Anta Diop de Dakar (UCAD), Hopital Aristide Le Dantec, Dakar, Senegal) ,  Ndiaye Yaye Die (Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Universite Cheikh Anta Diop de Dakar (UCAD), Hopital Aristide Le Dantec, Dakar, Senegal) ,  Ndiaye Ibrahima Mbaye (Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Universite Cheikh Anta Diop de Dakar (UCAD), Hopital Aristide Le Dantec, Dakar, Senegal) ,  Diallo Mamadou Alpha (Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Universite Cheikh Anta Diop de Dakar (UCAD), Hopital Aristide Le Dantec, Dakar, Senegal) ,  Diongue Khadim (Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Universite Cheikh Anta Diop de Dakar (UCAD), Hopital Aristide Le Dantec, Dakar, Senegal) ,  Volkman Sarah K. (Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, USA) ,  Volkman Sarah K. (Department of Immunology and Infectious Diseases, Harvard University, Cambridge, USA) ,  Badiane Aida Sadikh (Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Universite Cheikh Anta Diop de Dakar (UCAD), Hopital Aristide Le Dantec, Dakar, Senegal) ,  Ndiaye Daouda (Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Universite Cheikh Anta Diop de Dakar (UCAD), Hopital Aristide Le Dantec, Dakar, Senegal) ,  Ndiaye Daouda (Department of Immunology and Infectious Diseases, Harvard University, Cambridge, USA)
資料名： Malaria Journal (Web)  (Malaria Journal (Web))
巻： 19  号： 1  ページ： 1-11  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7332A  ISSN： 1475-2875  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子疫学は,Plasmodium falciparumの遺伝的多様性と伝染に関する重要な情報を提供することができ,除去努力の設計とモニタリングを助けることができる。しかし,寄生虫の遺伝的多様性を理解し,伝染の分子監視を実行するマラリア分子疫学は,Senegalではほとんど報告されていない。次世代シークエンシング(NGS)はマラリア集団遺伝学を理解するための実用的で高速で高スループットなアプローチを提供する。本研究は,P.falciparumの個体群構造を解明し,NGSプラットフォームを用いてマラリア寄生虫の対立遺伝子多様性,感染の多重度(MOI)および進化パターンを推定することを目的とした。セネガルの南及び北の2つの疫学的に異なる地域からの53のP.falciparum分離株におけるメロゾイト表面蛋白質1(PfMSP1)及びメロゾイト表面蛋白質2(PfMSP2)の多重アンプリコン深部配列決定を実施した。合計76のPfmsp1と116のPfmsp2クローンが同定され,135の異なる対立遺伝子が見出され,56と79がそれぞれpfmsp1とpfmsp2遺伝子に属した。K1およびIC3D7対立遺伝子ファミリーは,両部位で最も優勢であった。局所ハプロタイプ多様性(Hd)とヌクレオチド多様性(π)は,両遺伝子で北より南で高かった。pfmsp1では,南(D=2.0453)で高い正のTajimaのD(TD)値が観察され,一方,負のTD値は北(D=-1.4045)で記録され,F-Statistic(Fst)は0.19505であった。pfmsp2では,非方向性選択は,両方の領域で高度に陽性のTD試験で見出され,Fstは0.02111であった。両遺伝子の平均MOIは南と北でそれぞれ3.07と1.76であり,地域間で統計的に有意な差があった(p=0.001)。本研究は,SenegalにおけるP.falciparum個体群におけるpfmsp1およびpfmsp2遺伝子の高い遺伝的多様性および低い遺伝的分化を明らかにした。MOI平均は南部と北部地域間で有意に異なった。所見はまた,多重アンプリコン深部配列決定がP.falciparum感染の遺伝的多様性と分子疫学を研究するための有用な技術であることを示した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  寄生虫 ,  マラリア ,  *多重化 ,  *マラリア原虫 ,  対立遺伝子 ,  クローン ,  個体群 ,  *疫学 ,  *Plasmodium falciparum ,  ハプロタイプ
準シソーラス用語： *分子疫学 ,  *アンプリコン ,  メロゾイト ,  次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 分子疫学 ,  Plasmodium falciparum ,  Pfmsp1 ,  Pfmsp2 ,  多重化アンプリコンディープシークエンシング ,  MOI

分類 (1件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

引用文献 (62件)：

• WHO. World malaria report 2018. Geneva, World Health Organization.https://www.who.int/malaria/publications/world-malaria-report-2018/report/en/.
• Mol Biol Evol; Microsatellite markers reveal a spectrum of population structures in the malaria parasite Plasmodium falciparum; TJ Anderson, B Haubold, JT Williams, JG Estrada-Franco, L Richardson, R Mollinedo; 17; 2000; 1467-1482; 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026247; citation_id=CR2
• Malar J; Population genetics analysis during the elimination process of Plasmodium falciparum in Djibouti; BA Khaireh, A Assefa, HH Guessod, LK Basco, MA Khaireh, A Pascual; 12; 2013; 201; 10.1186/1475-2875-12-201; citation_id=CR3
• Malar J; Genetic diversity of Plasmodium falciparum in human malaria cases in Mali; C Nabet, S Doumbo, F Jeddi, S Konaté, T Manciulli, B Fofana; 15; 2016; 353; 10.1186/s12936-016-1397-0; citation_id=CR4
• Mohd Abd Razak MR, Sastu UR, Norahmad NA, Abdul-Karim A, Muhammad A, Muniandy PK, et al. Genetic diversity of Plasmodium falciparum populations in malaria declining areas of Sabah, East Malaysia. PLoS One. 2016;11:e0152415.

タイトルに関連する用語 (6件)： セネガル ,  マルチプレックス ,  アンプリコン ,  ディープシークエンシング ,  Plasmodium ,  分子疫学