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J-GLOBAL ID：202102214006943877   整理番号：21A1151299

mRNAiインデックス:肺腺癌幹細胞バイオマーカーのマイニングにおける機械学習【JST・京大機械翻訳】

mRNAsi Index: Machine Learning in Mining Lung Adenocarcinoma Stem Cell Biomarkers

著者 (10件)： Zhang Yitong (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Harbin Medical University, Harbin 150081, China) ,  Zhang Yitong (Department of Biochemistry and Molecular Biology, School of Basic Medical Sciences, Beijing Key Laboratory of Tumor Invasion and Metastasis Research, Institute of Cancer Research, Capital Medical University, Beijing 100069, China) ,  Zhang Yitong (Institute of Bioinformatics and Biosignal Transduction, College of Bioscience and Biotechnology, National Cheng Kung University, Tainan 701, Taiwan) ,  Tseng Joseph Ta-Chien (Institute of Bioinformatics and Biosignal Transduction, College of Bioscience and Biotechnology, National Cheng Kung University, Tainan 701, Taiwan) ,  Tseng Joseph Ta-Chien (Insight Genomics Inc., National Cheng Kung University, Tainan 701, Taiwan) ,  Lien I-Chia (Institute of Bioinformatics and Biosignal Transduction, College of Bioscience and Biotechnology, National Cheng Kung University, Tainan 701, Taiwan) ,  Lien I-Chia (Insight Genomics Inc., National Cheng Kung University, Tainan 701, Taiwan) ,  Li Fenglan (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Harbin Medical University, Harbin 150081, China) ,  Wu Wei (Department of Biochemistry and Molecular Biology, School of Basic Medical Sciences, Beijing Key Laboratory of Tumor Invasion and Metastasis Research, Institute of Cancer Research, Capital Medical University, Beijing 100069, China) ,  Li Hui (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Harbin Medical University, Harbin 150081, China)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 11  号： 3  ページ： 257  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 癌幹細胞(CSC)は,自己再生と無制限増殖により特徴づけられ,肺癌の治療抵抗性をもたらす。本研究では,肺腺癌(LUAD)における幹細胞関連遺伝子の発現を調べることを目的とした。mRNA発現(mRNAsi)に基づく幹細胞性指数を用いて,癌ゲノムアトラス(TCGA)におけるLUAD症例を分析した。最初に,mRNAiを,LUADにおける差次的発現,生存分析,臨床病期および性別で分析した。次に,加重遺伝子共発現ネットワーク分析を行い,幹細胞性と鍵遺伝子のモジュールを発見した。鍵となる遺伝子間の相互作用を,転写と蛋白質レベルで調べた。濃縮分析を行い,主要遺伝子の機能と経路を注釈した。鍵遺伝子の発現レベルを,汎癌規模で検証した。病理学的ステージ関連遺伝子発現レベルと生存確率も検証した。遺伝子発現Omnibus(GEO)データベースを検証のためにさらに使用した。mRNAiは癌症例において有意にアップレギュレートされた。一般的に,mRNAiスコアは臨床病期に従って増加し,性別で著しく異なる。より低いmRNAi群は,5年以内に,主要なLUADでより良い全体的生存を示した。識別モジュールと鍵遺伝子を,mRNAiとの相関に従って選択した。13の鍵遺伝子(CNB1,BUB1B,CDC20,PLK1,TTK,CDC45,ESPL1,CCNA2,MCM6,ORC1,MCM2,およびCHEK1)は,細胞増殖遺伝子オントロジー(GO)項に関連する遺伝子およびゲノム(KEGG)経路の細胞周期京都エンシクロペディアから豊富であった。13の遺伝子の8つがCSC特性と関連することが報告されている。しかし,それらの全てはLUADで以前に無視されてきた。それらの発現はLUADの病理学的段階に従って増加し,これらの遺伝子は汎癌において明らかにアップレギュレートされた。GEOデータベースにおいて,青色モジュールからの腫瘍壊死因子受容体関連因子相互作用蛋白質(TRAIP)だけが,幹細胞性マイクロアレイデータと一致した。これらの重要な遺伝子は全体として強い相関を持ち,幹細胞性の特徴を阻害することによりLUADの治療における治療標的として使用できることを見出した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  データベース ,  遺伝子 ,  腫瘍細胞 ,  タンパク質 ,  細胞増殖 ,  細胞周期 ,  生存率 ,  *幹細胞 ,  遺伝子発現 ,  肺腫瘍 ,  *バイオマーカー
準シソーラス用語： *肺腺癌 ,  共発現 ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 肺腺癌 ,  癌細胞の幹細胞性 ,  WGCNA ,  mRNAi ,  機械学習 ,  TCGA

分類 (2件)： 呼吸器の腫よう  (GI04000G) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N)

引用文献 (47件)：

• Tsolou, A.; Lamprou, I.; Fortosi, A.O.; Liousia, M.; Giatromanolaki, A.; Koukourakis, M.I. ‘Stemness’ and ‘senescence’ related escape pathways are dose dependent in lung cancer cells surviving post irradiation. Life Sci. 2019, 232, 116562.
• Leon, G.; MacDonagh, L.; Finn, S.P.; Cuffe, S.; Barr, M.P. Cancer stem cells in drug resistant lung cancer: Targeting cell surface markers and signaling pathways. Pharmacol. Therap. 2016, 158, 71-90.
• Huang, G.; Wang, M.; Li, X.; Wu, J.; Chen, S.; Du, N.; Li, K.; Wang, J.; Xu, C.; Ren, H.; et al. TUSC7 suppression of Notch activation through sponging MiR-146 recapitulated the asymmetric cell division in lung adenocarcinoma stem cells. Life Sci. 2019, 232, 116630.
• Gong, F.; Dong, D.; Zhang, T.; Xu, W. Long non-coding RNA FENDRR attenuates the stemness of non-small cell lung cancer cells via decreasing multidrug resistance gene 1 (MDR1) expression through competitively binding with RNA binding protein HuR. Eur. J. Pharmacol. 2019, 853, 345-352.
• Liu, Q.; Bai, W.; Huang, F.; Tang, J.; Lin, X. Downregulation of microRNA-196a inhibits stem cell self-renewal ability and stemness in non-small-cell lung cancer through upregulating GPX3 expression. Int. J. Biochem. Cell Biol. 2019, 115, 105571.

タイトルに関連する用語 (5件)： インデックス ,  肺腺癌 ,  幹細胞 ,  バイオマーカー ,  機械学習