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J-GLOBAL ID：202102214787343066   整理番号：21A0017751

食用褐藻,Cladosiphon okamuranusの4株のゲノム比較【JST・京大機械翻訳】

Comparative genomics of four strains of the edible brown alga, Cladosiphon okamuranus

著者 (9件)： Nishitsuji Koki (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Arimoto Asuka (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Arimoto Asuka (Present address: Marine Biological Laboratory, Graduate School of Integrated Sciences for Life, Hiroshima University, Hiroshima, Japan) ,  Yonashiro Yoshitaka (Okinawa Prefectural Fisheries Research and Extension Center, Okinawa, Japan) ,  Hisata Kanako (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Fujie Manabu (DNA Sequencing Section, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Kawamitsu Mayumi (DNA Sequencing Section, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Shoguchi Eiichi (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan) ,  Satoh Noriyuki (Marine Genomics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-12  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 褐藻類,Cladosiphon okamuranus(Okinawa mozku)は最も重要な食用海藻の1つであり,主に沖縄で市場で栽培されている。2000年代初期から,明らかに異なる形態を有する4つの菌株,すなわちS,K,O,およびCを,商業的に栽培した。著者らは以前にS-株のドラフトゲノムを報告した。将来の水産養殖のための海藻生物学の研究を促進するために,ここでは,他の3つの菌株(K,O,およびC)のゲノムを解読し,分析した。ここでは,S-株(2,130Mbp,12,999遺伝子)のゲノムを改善し,K-株(135Mbp,12,511遺伝子),O-株(140Mbp,12,548遺伝子)およびC-株(143Mbp,12,182遺伝子)を解読した。ミトコンドリアおよび核遺伝子を用いた分子系統学は,S-株が最初に分岐し,次いでK-株が続き,最近C-およびO-株であることを示した。4つの菌株間のゲノム構造の比較は,反転の頻繁な発生を文書化する。遺伝子獲得と損失に加えて,S-,K-,O-,およびC-系統は,それぞれ,各株に特有な457,344,367,および262の遺伝子ファミリーを有する。包括的Blast探索は,ほとんどの遺伝子が非冗長蛋白質配列データベースにおけるどのエントリーとも配列類似性を持たないが,GOアノテーションはそれらが分子および生物学的過程および細胞成分に関して機能していることを示唆した。本研究では,C.okamuranusの4株のゲノムを比較し,それらの系統発生関係を調べた。温度増加,酸性化,汚染を含む地球環境変化のため,褐色藻類養殖は重大な課題に直面している。本研究によって報告されたゲノムおよび系統発生情報は,新規菌株の分離のための有用なツールを提供する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 冗長性 ,  データベース ,  アミノ酸配列 ,  遺伝子 ,  ミトコンドリア ,  系統発生 ,  *ゲノム ,  養殖 ,  *褐藻類 ,  海藻 ,  酸性化 ,  アノテーション
準シソーラス用語： *Cladosiphon ,  遺伝子ファミリー ,  分子系統学 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： ゲノム解読 ,  Cladosiphon株 ,  遺伝子の集合 ,  サブスペシフィケーション ,  水産養殖 ,  パンゲノム

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (49件)：

• Biosci Biotechnol Biochem; Chemical characterization of Fucoidan from commercially cultured Nemacystus decipiens (Itomozuku); M Tako, T Nakada, F Hongou; 63; 10; 1999; 1813-1815; citation_id=CR1
• Antimicrob Agents Chemother; Sulfated polysaccharides are potent and selective inhibitors of various enveloped viruses, including herpes simplex virus, cytomegalovirus, vesicular stomatitis virus, and human immunodeficiency virus; M Baba, R Snoeck, R Pauwels, E Clercq; 32; 11; 1988; 1742-1745; citation_id=CR2
• Trends Plant Sci; Trends in seaweed research; CX Chan, CL Ho, SM Phang; 11; 4; 2006; 165-166; citation_id=CR3
• DNA Res; A draft genome of the brown alga, Cladosiphon okamuranus, S-strain: a platform for future studies of ‘mozuku’ biology; K Nishitsuji, A Arimoto, K Iwai, Y Sudo, K Hisata, M Fujie, N Arakaki, T Kushiro, T Konishi, C Shinzato; 23; 6; 2016; 561-570; citation_id=CR4
• Sci Rep; Draft genome of the brown alga, Nemacystus decipiens, Onna-1 strain: fusion of genes involved in the sulfated fucan biosynthesis pathway; K Nishitsuji, A Arimoto, Y Higa, M Mekaru, M Kawamitsu, N Satoh, E Shoguchi; 9; 1; 2019; 4607; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (2件)： 褐藻 ,  ゲノム