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J-GLOBAL ID：202102214822496164   整理番号：21A2679722

深海底生生物多様性を評価するための環境DNAメタバーコーディングにおける多重マーカーの組み合わせ【JST・京大機械翻訳】

Combining Multiple Markers in Environmental DNA Metabarcoding to Assess Deep-Sea Benthic Biodiversity

著者 (2件)： Liu Jun (Institute of Deep-Sea Science and Engineering, Chinese Academy of Sciences, Sanya, China) ,  Zhang Haibin (Institute of Deep-Sea Science and Engineering, Chinese Academy of Sciences, Sanya, China)
資料名： Frontiers in Marine Science (Web)  (Frontiers in Marine Science (Web))
巻： 8  ページ： 684955  発行年： 2021年 
JST資料番号： U7076A  ISSN： 2296-7745  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 環境DNA(eDNA)メタバーコーディングは,環境試料からDNAを結合することにより多様性を推定するための新たなツールである。真核生物多様性の推定におけるその広い使用にもかかわらず,多くの因子が結果をバイアスするかもしれない。メーカー選択と参照データベースはメタバーコーディング解析における重要課題の一つである。本研究では,本研究で設計した新規28S rRNA遺伝子マーカーの性能と,深海堆積物における真核生物多様性の推定における2つの一般的に用いられる18S rRNA遺伝子マーカー(V1-2とV9)を比較した。沖縄トラフの堆積物調査に基づくメタバーコーディング分析は,より多くの真核生物分類群が28Sと18S V1-2より18S V9によって発見され,18S V9が他の2つのマーカーより後生動物回復においてより良いことを示した。広範囲の分類群は3つのメタバーコードマーカーによって検出されたが,分類群の小さい割合だけが門レベルでもそれらの間で共有された。また,非計量多次元スケーリング(NMDS)分析は,3つのマーカーによって検出されるコミュニティが互いに異なることを支持した。さらに,異なるコミュニティを,2つの18Sマーカーに対して,異なる参照データベース(NCBI nt vs.SILVA)によって解決した。3つのマーカーを組み合わせて,環形動物が沖縄トラフの堆積物において最も豊富な(44.9%)と多様な[179の運転分類単位(OTUs)]後生動物群であることを見出した。したがって,複数の独立したマーカーは,海洋多様性調査の間,特に十分に理解されていない深海堆積物のために,メタバーコーディング解析に使用することが推奨される。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  *DNA【核酸】 ,  深海堆積物 ,  堆積物 ,  *多重化 ,  生産者 ,  真核生物 ,  高次元 ,  バーコード ,  *生物多様性 ,  *深海 ,  環境試料
準シソーラス用語： 遺伝子マーカ ,  分類群 ,  *環境DNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 底生コミュニティ ,  18S ,  28S ,  環境DNA ,  深海 ,  メタバーコーディング

分類 (4件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  動物分類学  (EJ01030T) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  動物学研究法  (EJ01020I)

引用文献 (45件)：

• Amaral-Zettler L. A., McCliment E. A., Ducklow H. W., Huse S. M. (2009). A method for studying protistan diversity using massively parallel sequencing of V9 hypervariable regions of small-subunit ribosomal RNA genes. PLoS One 4:e6372. doi: 10.1371/journal.pone.0006372
• Balvociute M., Huson D. H. (2017). SILVA, RDP, Greengenes, NCBI and OTT-how do these taxonomies compare? BMC Genomics 18:114. doi: 10.1186/s12864-017-3501-4
• Bik H. M., Porazinska D. L., Creer S., Caporaso J. G., Knight R., Thomas W. K. (2012a). Sequencing our way towards understanding global eukaryotic biodiversity. Trends Ecol. Evol. 27 233-243. doi: 10.1016/j.tree.2011.11.010
• Bik H. M., Sung W., De Ley P., Baldwin J. G., Sharma J., Rocha-Olivares A., et al (2012b). Metagenetic community analysis of microbial eukaryotes illuminates biogeographic patterns in deep-sea and shallow water sediments. Mol. Ecol. 21 1048-1059. doi: 10.1111/j.1365-294x.2011.05297.x
• Bittner L., Gobet A., Audic S., Romac S., Egge E. S., Santini S., et al (2013). Diversity patterns of uncultured Haptophytes unravelled by pyrosequencing in Naples Bay. Mol. Ecol. 22 87-101. doi: 10.1111/mec.12108

タイトルに関連する用語 (7件)： 生物多様性 ,  評価 ,  環境DNA ,  メタバーコーディング ,  多重 ,  マーカー ,  組み合わせ