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J-GLOBAL ID：202102216500244515   整理番号：21A2172222

非モデル植物,Abelmoschus esculentusにおけるマイクロRNAとその関連ヘアピン前駆体の解読【JST・京大機械翻訳】

Deciphering microRNAs and Their Associated Hairpin Precursors in a Non-Model Plant, Abelmoschus esculentus

著者 (4件)： Kumar Kavitha Velayudha Vimala ,  Srikakulam Nagesh ,  Padbhanabhan Priyavathi ,  Pandi Gopal
資料名： Non-Coding RNA (Web)  (Non-Coding RNA (Web))
巻： 3  号： 2  ページ： 19  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7254A  ISSN： 2311-553X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： マイクロRNA(miRNA)はヘアピン前駆体に由来する重要な調節RNAである。過去10年間,研究者は様々な植物におけるmiRNAプロファイルに広範囲に集中している。しかし,モデル植物においても前駆体miRNAs(pre-miRNAs)の大域的プロファイリングに関する研究はほとんどない。ここでは,無視できるゲノム情報を持つ非モデル植物-Abelmoschus esculentusにおいて,次世代シークエンシングアプローチを適用することによりmiRNAおよびそれらの関連するプレmiRNAを特徴づけるための全体的プロファイリングを報告する。予備的に,葉試料の5つの生物学的複製による小RNA(sRNA)配列決定を行い,207,285,863リードを達成した。miRPlantを用いたデータ解析は,128の既知および845の新規miRNA候補を明らかにした。それらの関連ヘアピン前駆体を分離する目的で,著者らは83,269,844読取りを達成するためにプレmiRNA配列決定を達成した。ペアエンド読取りを併合し,アダプタートリミングし,得られた40~241nt(ヌクレオチド)シーケンスを,miRGrepツールからのパールスクリプトと最小Fold Energy Index(MFEI)計算のための社内構築シェルスクリプトを用いて,分析のために選択した。Dicer切断パターンと完全なステムループ構造の厳密な基準を適用して,15ファミリーの57の既知miRNAの前駆体と18の新規miRNAを明らかにした。定量的リアルタイム(qRT)PCRを行い,選択したmiRNAの発現を測定した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： トリミング ,  *RNA【核酸】 ,  ヌクレオチド ,  データ解析 ,  *前駆体 ,  オクラ ,  *トロロアオイ属 ,  アダプタ
準シソーラス用語： *マイクロRNA ,  ステムループ構造 ,  スクリプト ,  低分子RNA ,  ゲノム情報 ,  プロファイリング ,  次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： miRNA ,  プレmiRNA配列決定 ,  Abelmoschus esculentus ,  次世代シークエンシング ,  非モデルプラント

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (48件)：

• Bartel, D.P. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell 2004, 116, 281-297.
• Mateos, J.L.; Bologna, N.G.; Chorostecki, U.; Palatnik, J.F. Identification of MicroRNA Processing Determinants by Random Mutagenesis of Arabidopsis MIR172a Precursor. Curr. Biol. 2010, 20, 49-54.
• Werner, S.; Wollmann, H.; Schneeberger, K.; Weigel, D. Structure Determinants for Accurate Processing of miR172a in Arabidopsis thaliana. Curr. Biol. 2010, 20, 42-48.
• Czech, B.; Hannon, G.J. Small RNA sorting: Matchmaking for Argonautes. Nat. Rev. Genet. 2011, 12, 19-31.
• Li, J.; Yang, Z.; Yu, B.; Liu, J.; Chen, X. Methylation Protects miRNAs and siRNAs from a 3′-End Uridylation Activity in Arabidopsis. Curr. Biol. 2005, 15, 1501-1507.

タイトルに関連する用語 (5件)： モデル植物 ,  Abelmoschus ,  マイクロRNA ,  前駆体 ,  解読