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J-GLOBAL ID：202102217149093979   整理番号：21A1150904

牛肉去勢牛のメリットを予測するためのローパスシークエンシングからの補完の評価【JST・京大機械翻訳】

Assessment of Imputation from Low-Pass Sequencing to Predict Merit of Beef Steers

著者 (7件)： Snelling Warren M. (U.S. Department of Agriculture, Agricultural Research Service, U.S. Meat Animal Research Center, Clay Center, NE 68933, USA) ,  Hoff Jesse L. (Gencove, Inc., New York, NY 10016, USA) ,  Li Jeremiah H. (Gencove, Inc., New York, NY 10016, USA) ,  Kuehn Larry A. (U.S. Department of Agriculture, Agricultural Research Service, U.S. Meat Animal Research Center, Clay Center, NE 68933, USA) ,  Keel Brittney N. (U.S. Department of Agriculture, Agricultural Research Service, U.S. Meat Animal Research Center, Clay Center, NE 68933, USA) ,  Lindholm-Perry Amanda K. (U.S. Department of Agriculture, Agricultural Research Service, U.S. Meat Animal Research Center, Clay Center, NE 68933, USA) ,  Pickrell Joseph K. (Gencove, Inc., New York, NY 10016, USA)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 11  号： 11  ページ： 1312  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： コスト削減は,ゲノム予測の精度を増加できる機能的変異体遺伝子型を得るための魅力的な代替法である包括的参照パネルへの補完による低被覆率配列決定を作っている。ローパス配列決定の可能性を評価するために,>10X範囲に配列された77頭の去勢牛のゲノム配列を1Xにダウンサンプリングし,複数のBos taurusとBos indicus-influented品種を代表する946頭のウシの参照に刺激した。参照で検出されたほぼ60百万の変異体の遺伝子型は,ダウンサンプリング配列から帰属された。変異型遺伝子型はSNP配列遺伝子型(r=0.99)と転写配列(r=0.97)との遺伝子型と強く一致した。ウシSNP50とGGP-F250変異体の出生体重,離乳後獲得,および脂肪交雑への影響を,去勢表現型と遺伝子型なしで解決し,次にそれらの遺伝子型に適用して,分子育種価(MBV)を予測した。去勢および配列遺伝子型を用いた場合,去勢牛MBVは類似していた。機能的配列変異体による配列変異体の置換は,よりロバストなMBVを可能にする。低被覆率配列からの障害は,ゲノム予測を改善できる機能的変異体遺伝子型を得るための実行可能な低コストアプローチを提供する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 原価低減 ,  遺伝子型 ,  *牛肉 ,  表現型 ,  *去勢 ,  ゲノム ,  品種 ,  ロバスト性 ,  離乳 ,  被覆率
準シソーラス用語： *配列解析 ,  ダウンサンプリング ,  ゲノム配列 ,  分子育種 ,  *去勢牛 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： シーケンス ,  補完 ,  ゲノム予測 ,  肉牛

分類 (1件)： 牛  (FD02020Y)

引用文献 (45件)：

• Moghaddar, N.; Khansefid, M.; van der Werf, J.H.J.; Bolormaa, S.; Duijvesteijn, N.; Clark, S.A.; Swan, A.A.; Daetwyler, H.D.; MacLeod, I.M. Genomic prediction based on selected variants from imputed whole-genome sequence data in Australian sheep populations. Genet. Sel. Evol. 2019, 51, 72.
• MacLeod, I.M.; Bowman, P.J.; vander Jagt, C.J.; Haile-Mariam, M.; Kemper, K.E.; Chamberlain, A.J.; Schrooten, C.; Hayes, B.J.; Goddard, M.E. Exploiting biological priors and sequence variants enhances QTL discovery and genomic prediction of complex traits. BMC Genom. 2016, 17, 144.
• Xiang, R.; Berg, I.v.d.; MacLeod, I.M.; Hayes, B.J.; Prowse-Wilkins, C.P.; Wang, M.; Bolormaa, S.; Liu, Z.; Rochfort, S.J.; Reich, C.M.; et al. Quantifying the contribution of sequence variants with regulatory and evolutionary significance to 34 bovine complex traits. PNAS 2019, 116, 19398-19408.
• Rowan, T.N.; Hoff, J.L.; Crum, T.E.; Taylor, J.F.; Schnabel, R.D.; Decker, J.E. A multi-breed reference panel and additional rare variants maximize imputation accuracy in cattle. GSE 2019, 51, 77.
• Snelling, W.M.; Bennett, G.L.; Keele, J.W.; Kuehn, L.A.; McDaneld, T.G.; Smith, T.P.; Thallman, R.M.; Kalbfleisch, T.S.; Pollak, E.J. A survey of polymorphisms detected from sequences of popular beef breeds. Anim. Sci. J. 2015, 93, 5128-5143.

タイトルに関連する用語 (6件)： 牛肉 ,  去勢牛 ,  メリット ,  予測 ,  補完 ,  評価