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J-GLOBAL ID：202102218195832743   整理番号：21A0196115

Shouguangニワトリにおける羽毛率のゲノムワイド関連研究とトランスクリプトーム差次的発現解析【JST・京大機械翻訳】

Genome-Wide Association Study and Transcriptome Differential Expression Analysis of the Feather Rate in Shouguang Chickens

著者 (6件)： Liu Xiayi (National Engineering Laboratory for Animal Breeding, Beijing Key Laboratory of Animal Genetic Improvement, College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Wu Zhou (National Engineering Laboratory for Animal Breeding, Beijing Key Laboratory of Animal Genetic Improvement, College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Wu Zhou (Animal Breeding and Genomics, Wageningen University & Research, Wageningen, Netherlands) ,  Li Junying (National Engineering Laboratory for Animal Breeding, Beijing Key Laboratory of Animal Genetic Improvement, College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Bao Haigang (National Engineering Laboratory for Animal Breeding, Beijing Key Laboratory of Animal Genetic Improvement, College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Wu Changxin (National Engineering Laboratory for Animal Breeding, Beijing Key Laboratory of Animal Genetic Improvement, College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 11  ページ： 613078  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 雛の羽化率表現型は,早期羽毛と後期羽毛の表現型を含み,家禽産業における性化システムとして広く用いられている。本研究の目的は, Shougu鶏の羽毛率に関連する候補遺伝子を得ることであった。本研究では,メスのShoguangニワトリから56の血液サンプルと12の飛翔羽毛の毛包試料を収集した。次に,ゲノムワイド関連分析(GWAS)により羽毛率に関連する染色体領域を同定した。また,RNA配列決定を行い,HISAT2,StringTie,およびDESeq2を用いて,初期受精と後期受精表現型の間の差次的発現遺伝子を分析した。染色体Zの10.0-13.0Mbのゲノム領域を同定したが,これは1日齢でShoguangニワトリの羽毛率と統計学的に関連していた。RNA配列決定分析の後,初期受精(EF)と後期受精(LF)表現型の間の既知の遺伝子を発現させ,上皮細胞分化,中間フィラメント組織,蛋白質セリンキナーゼ活性,ペプチジルセリンリン酸化,レチノイン酸結合などに関与した。精子鞭毛2遺伝子(SPEF2)とプロラクチン受容体(PRLR)遺伝子は,GWASと差次的発現分析の結果の間の唯一の2つの重複遺伝子であり,SPEF2とPRLRが,本研究でニワトリ羽毛形成表現型の形成のための候補遺伝子であることを意味する。著者らの知見は雛における羽毛速度の分子機構の解明を助ける。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： RNA【核酸】 ,  遺伝子 ,  染色体 ,  受精 ,  精子 ,  タンパク質 ,  表現型 ,  分化 ,  鞭毛 ,  *ゲノム ,  *羽毛 ,  セリン/トレオニンキナーゼ ,  ゲノムワイド関連解析
準シソーラス用語： 候補遺伝子 ,  *差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： Shouguang鶏 ,  早期羽毛 ,  後期羽毛 ,  ゲノムワイド関連研究 ,  RNA配列決定 ,  SPEF2 ,  PRLR

分類 (2件)： 鶏  (FD03020F) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (47件)：

• BaconL. D.SmithE.CrittendenL. B.HavensteinG. B. (1988). Association of the slow feathering (K) and an endogenous viral (ev21) gene on the Z chromosome of chickens. Poult. Sci. 67 191-197. doi: 10.3382/ps.0670191 2837753
• BarrettJ. C.FryB.MallerJ.DalyM. J. (2005). Haploview: analysis and visualization of LD and haplotype maps. Bioinformatics 21 263-265. doi: 10.1093/bioinformatics/bth457 15297300
• BinartN.BachelotA.BouillyJ. (2010). Impact of prolactin receptor isoforms on reproduction. Trends Endocrinol. Metab. 21 362-368. doi: 10.1016/j.tem.2010.01.008 20149678
• BoulliouA.Le PennecJ. P.HubertG.DonalR.SmileyM. (1992). The endogenous retroviral ev21 locus in commercial chicken lines and its relationship with the slow-feathering phenotype (K). Poult. Sci. 71 38-46. doi: 10.3382/ps.0710038 1347168
• BuG.HuangG.FuH.LiJ.HuangS.WangY. (2013). Characterization of the novel duplicated PRLR gene at the late-feathering K locus in Lohmann chickens. J. Mol. Endocrinol. 51 261-276. doi: 10.1530/JME-13-0068 23940279

タイトルに関連する用語 (7件)： ニワトリ ,  羽毛 ,  ゲノム ,  研究 ,  トランスクリプトーム ,  差次的発現 ,  解析