異なる力場を持つ分子動力学シミュレーションからのTRAAKチャネルの伝導とゲーティング特性【JST・京大機械翻訳】

Ocello Riccardo; Furini Simone; Lugli Francesca; Recanatini Maurizio; Domene Carmen; Domene Carmen; Masetti Matteo

文献

J-GLOBAL ID：202102219416751295 整理番号：21A0181733

異なる力場を持つ分子動力学シミュレーションからのTRAAKチャネルの伝導とゲーティング特性【JST・京大機械翻訳】

Conduction and Gating Properties of the TRAAK Channel from Molecular Dynamics Simulations with Different Force Fields

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資料名：
巻： 60 号： 12 ページ： 6532-6543 発行年： 2020年
JST資料番号： A0294A ISSN： 1549-9596 CODEN： JCISD8 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

近年,カリウムチャネルのK2Pファミリーは,強い研究活動の主題であった。イオンチャンネルのこのファミリーの複雑な機能と調節により,分子力学(MD)シミュレーションのような計算アプローチによって提供される原子論的記述,特に現在利用可能な前例のない時間スケールの見地から,実験的知見を補完する共通の実践である。しかし,最近の実質的な改善にもかかわらず,MDシミュレーションの精度は,力場の固有限界によってまだ分かれている。ここでは,これらのエネルギー関数が最初に開発されたとき,アクセス可能なものよりも大きい時間スケールでイオンチャネルを研究するために用いられる最も一般的な力場の性能を系統的に評価した。32μsの軌跡を用いて,生物学的系:AMBERとCHARMMのシミュレーションにおける2つの確立された力場を用いて,K2Pイオンチャネルファミリー,TRAAKチャンネルのメンバーの動力学を調べた。その結果,結果はナノ秒時間スケールで同等であるが,マイクロ秒時間スケールでは顕著な不一致が生じることを見出した。Copyright 2021 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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理論生物学一般 , 計算機シミュレーション , 分子・遺伝情報処理

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