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J-GLOBAL ID：202102219497026113   整理番号：21A0385020

TLR2とCD40が冠動脈疾患に関連する統合加重遺伝子共発現ネットワーク解析【JST・京大機械翻訳】

Integrated Weighted Gene Co-expression Network Analysis Identified That TLR2 and CD40 Are Related to Coronary Artery Disease

著者 (7件)： Qi Bin (Departments of Cardiology, Liuzhou People’s Hospital, Liuzhou, China) ,  Chen Jian-Hong (Departments of Cardiology, Liuzhou People’s Hospital, Liuzhou, China) ,  Tao Lin (Departments of Cardiology, Liuzhou People’s Hospital, Liuzhou, China) ,  Zhu Chuan-Meng (Departments of Cardiology, Liuzhou People’s Hospital, Liuzhou, China) ,  Wang Yong (Departments of Cardiology, Liuzhou People’s Hospital, Liuzhou, China) ,  Deng Guo-Xiong (Departments of Cardiology, The First People’s Hospital of Nanning, Nanning, China) ,  Miao Liu (Departments of Cardiology, Liuzhou People’s Hospital, Liuzhou, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 11  ページ： 613744  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究は,可能なハブ遺伝子と冠動脈疾患(CAD)の経路を同定し,可能な機構を検出することを試みた。GSE90074からのアレイデータを,遺伝子発現Omnibus(GEO)データベースからダウンロードした。遺伝子モジュールと臨床的特徴を分析するために,統合加重遺伝子共発現ネットワーク分析(WGCNA)を実施した。遺伝子オントロジーアノテーション(GO),疾患オントロジー(DO),および遺伝子およびゲノム(KEGG)経路濃縮分析の京都エンシクロペディアを,RにおけるクラスタProfilerおよびDOSEパッケージによって実行した。蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)ネットワークをCytoscopeソフトウェアを用いて確立し,有意なモジュールを分子複合体検出(MCODE)を用いて分析し,ハブ遺伝子を同定した。次に,他のマイクロアレイと個体群試料中のハブ遺伝子の更なる機能的検証を行い,生存分析を行い,予後を調べた。合計660の遺伝子が3つのモジュールに位置し,CADと関連していた。GO機能は,484の生物学的過程,39の細胞成分,および22の分子機能を,調整P<0.05で特定した。全体で,38の経路はKEGG経路分析で濃縮され,147のDO項目は調整P<0.05(偽発見率,FDRセット)で同定された。MCODE appを用いたPPIネットワーク分析後,スコア>10の総計4つのモジュールがあり,2つのハブ遺伝子(TLR2とCD14)を同定した。次に,GSE59867データセットと個体群サンプルを用いてGSE60993データセットから情報を検証し,これら2つの遺伝子がプラーク脆弱性と関連することを見出した。これら2つの遺伝子は心筋梗塞後の異なる時点で変化し,両者は低レベルで発現すると心不全の最低予後を示した。統合WGCNAを行い,TLR2とCD14が心筋梗塞の重症度,プラーク不安定性,心筋梗塞後の心不全の予後と密接に関連することを確認した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  *ネットワーク ,  *遺伝子 ,  心不全 ,  心筋梗塞 ,  クラスタ ,  ソフトウェア ,  プラーク ,  予後 ,  遺伝子発現 ,  CD14抗原 ,  *CD40抗原 ,  アノテーション ,  オントロジー
準シソーラス用語： *共発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 遺伝子発現オムニバス ,  統合加重遺伝子共発現ネットワーク解析 ,  機能強化 ,  機能的検証 ,  予後分析 ,  冠動脈疾患

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (33件)：

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タイトルに関連する用語 (8件)： TLR2 ,  CD40 ,  冠動脈疾患 ,  統合 ,  加重 ,  遺伝子 ,  共発現 ,  ネットワーク解析