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J-GLOBAL ID：202102220787376989   整理番号：21A0026333

DNAにおける気泡寿命と気泡長さの分布【JST・京大機械翻訳】

Distributions of bubble lifetimes and bubble lengths in DNA

著者 (4件)： Hillebrand M. (Department of Mathematics and Applied Mathematics, University of Cape Town, Rondebosch 7701, South Africa) ,  Kalosakas G. (Department of Materials Science, University of Patras, GR-26504 Rio, Greece) ,  Skokos Ch. (Department of Mathematics and Applied Mathematics, University of Cape Town, Rondebosch 7701, South Africa) ,  Bishop A. R. (Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, New Mexico 87545, USA)
資料名： Physical Review. E  (Physical Review. E)
巻： 102  号： 6  ページ： 062114  発行年： 2020年 
JST資料番号： W0493A  ISSN： 2470-0045  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Peyrard-Bishop-Dautois(PBD)モデルおよび配列依存性スタッキング相互作用を有する拡張版(ePBD)による広範な分子動力学シミュレーションを行い,これらの分布に対する配列グアニン-シトシン(GC)/アデニン-チミン(AT)含量の影響を強調することにより,生理学的温度でのDNAにおける気泡寿命および気泡長の分布を調べた。両モデルに対して,分離する相補的ヌクレオチドを考慮するための塩基対依存性(GC対AT)閾値は,DNA配列のGC含量に対する融解温度の観察された依存性を再現できることを見出した。塩基対開口に対するこれらの閾値を用いて,シーケンスのGC含有量が変化するとき,10塩基対までの長さの気泡に対する気泡寿命分布を得て,それは拡張指数関数と正確に適合した。両モデルに対して,平均気泡寿命が気泡長さまたはGC含有量のいずれかの増加と共に減少することを見出した。さらに,得られた気泡長さ分布は,適切な延伸指数関数によって適合し,著者らの結果は,短い気泡が,任意のGC含有量に対して類似の尤度を持つが,より長いものは,ATリッチ配列において,実質的に発生する可能性が高いことを示した。また,ePBDモデルは,PBDシステムよりも,より長く,長寿命の気泡を可能にすることを示した。Copyright 2021 The American Physical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *気泡 ,  計算機シミュレーション ,  寿命分布 ,  指数関数 ,  融点 ,  *DNA【核酸】 ,  ヌクレオチド ,  延伸 ,  開口 ,  温度依存性 ,  塩基対
準シソーラス用語： ATリッチ配列 ,  DNA配列 ,  分子動力学シミュレーション ,  尤度 ,  GC含量 ,  長寿命 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (4件)： DNA ,  気泡 ,  寿命 ,  分布