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J-GLOBAL ID：202102222672598982   整理番号：21A0088091

バイオPAX-Parser(BiP)を用いた経路データによる生物学的エンティティリストのアノテーション【JST・京大機械翻訳】

Using BioPAX-Parser (BiP) to Annotate Lists of Biological Entities with Pathway Data

著者 (4件)： Agapito Giuseppe (Department of Legal, Economic and Social Sciences, University “Magna Graecia” of Catanzaro, Catanzaro, Italy) ,  Agapito Giuseppe (Data Analytics Research Center, University “Magna Graecia” of Catanzaro, Catanzaro, Italy) ,  Cannataro Mario (Data Analytics Research Center, University “Magna Graecia” of Catanzaro, Catanzaro, Italy) ,  Cannataro Mario (Department of Medical and Surgical Sciences, University “Magna Graecia” of Catanzaro, Catanzaro, Italy)
資料名： Lecture Notes in Computer Science  (Lecture Notes in Computer Science)
巻： 12584  ページ： 92-101  発行年： 2020年 
JST資料番号： H0078D  ISSN： 0302-9743  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質および遺伝子は,生物学的経路内の受容体と転写因子間のコミュニケーションフローの活性化または阻害に広く関与する。蛋白質の機能的役割を完全に理解する鍵は,経路と蛋白質の間の関係の推論である。生物学的経路を特徴づける相互作用の複雑な流れの理解を促進するために,過去数年において,いくつかの公的および私的データベースを構築し,経路情報を保存,表現,可視化および共有する。経路濃縮分析(PEA)は,生物学的メカニズムとの接続を発見するための経路データベース情報を利用することを可能にする。PEA法は,研究者が,遺伝子リストの解釈,または生物学的文脈から切り離された他の生物学的実体リストの問題を克服し,それらの知見を容易にし,検証することを助ける。ここでは,BioPAXフォーマットでコードされた経路データを用いてPEAを実行することを目指した自動グラフィックスベースツールであるBioPAX-Parser(BiP)を紹介した。BiPはJava8を用いて完全に発達し,研究者が経路濃縮分析を行うのを助け,単に興味ある蛋白質/遺伝子のリストを負荷する。BiPの濃縮は,False Discovery Rate(FDR)とBonferroni多重検定統計補正器と共に,超幾何試験を実行することによって行われた。子宮内膜癌遺伝子リストを注釈するBiPを用いた事例研究も示した。Copyright Springer Nature Switzerland AG 2020 Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 幾何学 ,  相互作用 ,  コミュニケーション ,  データベース ,  遺伝子 ,  受容体 ,  タンパク質 ,  可視化 ,  多重化 ,  補正装置 ,  事例研究 ,  転写因子 ,  子宮内膜癌 ,  *アノテーション
準シソーラス用語： *Bip , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 経路濃縮分析 ,  生物学的経路 ,  統計解析 ,  バイオPAX

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： BiP ,  経路 ,  生物学 ,  エンティティ ,  リスト ,  アノテーション