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J-GLOBAL ID：202102224161022228   整理番号：21A2115266

分子動力学シミュレーションのためのVFFDTとパラムフィットを用いたボロナートのパラメタリゼーション【JST・京大機械翻訳】

Parameterization of Boronates Using VFFDT and Paramfit for Molecular Dynamics Simulation

著者 (2件)： Kurt Baris (Institute of Science, Department of Chemistry, Dicle University, 21280 Diyarbakir, Turkey) ,  Temel Hamdi (Faculty of Pharmacy, Department of Pharmaceutical Chemistry, Dicle University, 21280 Diyarbakir Turkey)
資料名： Molecules (Web)  (Molecules (Web))
巻： 25  号： 9  ページ： 2196  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7014A  ISSN： 1420-3049  CODEN： MOLEFW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ホウ酸,ホウ酸塩エステルおよびヒドロキシ誘導体は生物活性分子である。したがって,これらの分子動力学シミュレーションの実施は薬物設計に関して極めて重要であるが,文献中のこれらの種類の分子に対するab initio法に基づいた直接生成Amberパラメータを見出すことは難しい。本研究では,ホウ素を含むそのような分子に対するAmberパラメータを,遺伝的およびシンプレックスアルゴリズムの組合せを適用するパラミットプログラムを用いたab initio計算およびセミナリオ法を含むVisual Force Field Derivation Toolkit(VFFDT)プログラムに基づいて生成した。新しいパラメータを得た後,そして,サンダープログラムを用いて最小化した構造を,実験的結晶構造と比較し,実験構造と最小化構造の間の二乗平均平方根偏差(RMSD)値が,合理的に良く一致することを観察した。さらに,分子を加熱し,分子動力学シミュレーションを新規パラメータで首尾よく得た。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  結晶構造 ,  ホウ素 ,  *ホウ酸 ,  ホウ酸塩 ,  エステル ,  遺伝 ,  生物活性 ,  ドラッグデザイン ,  実効値 ,  ab initio法 ,  力の場 ,  パラメタリゼーション
準シソーラス用語： *分子動力学シミュレーション ,  第一原理計算 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： アンバー ,  力場 ,  パラメタリゼーション ,  ホウ素

分類 (1件)： 分子の電子構造  (BH05010Q)

引用文献 (20件)：

• Yang, F.; Zhu, M.; Zhang, J.; Zhou, H. Synthesis of Biologically Active Boron-Containing Compounds. Medchemcomm 2018, 9, 201-221.
• Wang, J.; Wolf, R.M.; Caldwell, J.W.; Kollman, P.A.; Case, D.A. Development and Testing of A General Amber Force Field. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174.
• Zhu, Y.; Su, Y.; Li, X.; Wang, Y.; Chen, G. Evaluation of Amber Force Field Parameters for Copper(II) With Pyridylmethyl-Amine and Benzimidazolylmethyl-Amine Ligands: A Quantum Chemical Study. Chem. Phys. Lett. 2008, 455, 354-360.
• Lin, F.; Wang, R. Systematic Derivation of Amber Force Field Parameters Applicable To Zinc-Containing Systems. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1852-1870.
• Seminario, J.M. Calculation of Intramolecular Force Fields from Second-Derivative Tensors. Int. J. Quantum Chem. 1996, 60, 1271-1277.

タイトルに関連する用語 (2件)： 分子動力学シミュレーション ,  パラメタリゼーション