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J-GLOBAL ID：202102224534777323   整理番号：21A0571706

モデル生物のミトコンドリアDNAに分布したCpG部位とアイランドの比較分析【JST・京大機械翻訳】

Comparative Analysis of CpG Sites and Islands Distributed in Mitochondrial DNA of Model Organisms

著者 (5件)： Kowal Krzysztof (Institute of Biological Bases of Animal Production, Faculty of Animal Sciences and Bioeconomy, University of Life Sciences in Lublin, Akademicka 13, 20-950 Lublin, Poland) ,  Tkaczyk Angelika (Institute of Biological Bases of Animal Production, Faculty of Animal Sciences and Bioeconomy, University of Life Sciences in Lublin, Akademicka 13, 20-950 Lublin, Poland) ,  Zabek Tomasz (Department of Animal Genomics and Molecular Biology, National Research Institute of Animal Production, Krakowska 1, 32-083 Balice, Poland) ,  Pierzchala Mariusz (Department of Genomics and Biodiversity, Institute of Genetics and Animal Breeding, Polish Academy of Sciences, Postepu 36a Str., 05-552 Jastrzebiec, Poland) ,  Slaska Brygida (Institute of Biological Bases of Animal Production, Faculty of Animal Sciences and Bioeconomy, University of Life Sciences in Lublin, Akademicka 13, 20-950 Lublin, Poland)
資料名： Animals (Web)  (Animals (Web))
巻： 10  号： 4  ページ： 665  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7131A  ISSN： 2076-2615  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： mtDNAメチル化に関する情報はまだ限られており,後成的修飾は不明のままである。mtDNAの比較エピゲノミクスに関する包括的情報の欠如は,異なる種におけるmtDNAのエピゲノム修飾の包括的研究を促進する。これは,種々の種(12)からのmtDNA参照配列における理論的CpG局在性を比較した最初の研究である。本研究の目的は,モデル生物のmtDNAにおけるCpG部位と島の局在を決定し,それらの分布を比較することであった。結果はmtDNAメチル化のさらなる研究に適している。分析は,無脊椎動物と脊椎動物の異なる分類学的グループを代表する動物モデル生物のmtDNA配列の鎖の両方を含んだ。各配列に対して,CpGアイランドの数,長さ,および局在化のようなパラメータを,EMBOSS(欧州分子生物学オープンソフトウェアSuite)ソフトウェアを使用して決定した。各配列に対するCpG部位数を,新しいcpgseekアルゴリズムを用いて示した。結果は,分析した種におけるmtDNAのメチル化がミトコンドリア遺伝子発現を含むことを示した。著者らの分析は,CpG部位がDループ,CYTB,ND6,ND5,ND4,ND3,ND2,ND1,COX3,COX2,COX1,ATP6,16s rRNA,および12s rRNAを含むゲノム領域に一般的に存在することを示した。異なる種からの動物におけるCpG分布は多様化した。一般に,ミトコンドリアゲノムの観察されたCpG部位の数は無脊椎動物よりも脊椎動物で高かった。しかし,ミトコンドリアゲノムにおけるCpG部位の頻度と分析した生物の複雑性の間には関係がなかった。興味深いことに,tRNAコード遺伝子に対するCpG部位の分布は,脊椎動物のより大きなCpG領域で通常蓄積されていた。本論文は,収集した情報が無脊椎動物と脊椎動物を含む異なる種の間でmtDNAに局在するメチル化領域を示すので,更なる研究のための出発点であるかもしれない。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  メチル化 ,  rRNA ,  遺伝子 ,  脊椎動物 ,  *ミトコンドリア ,  ゲノム ,  分子生物学 ,  ソフトウェア ,  無脊椎動物 ,  遺伝子発現
準シソーラス用語： *ミトコンドリアDNA ,  *CpG ,  ミトコンドリアゲノム ,  エピゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： CpG部位 ,  mtDNA ,  モデル生物

分類 (3件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  進化論一般  (EC03010Q)

引用文献 (42件)：

• Morley, S.A.; Nielsen, B.L. Plant mitochondrial DNA. Front. Biosci. 2017, 22, 1023-1032.
• Taylor, R.W.; Turnbull, D.M. Mitochondrial DNA mutations in human disease. Nat. Rev. Genet. 2005, 6, 389-402.
• Tsang, W.Y.; Lemire, B. The role of mitochondria in the life of the nematode, Caenorhabditis elegans. Biochim. et Biophys. Acta (BBA)-Mol. Basis Dis. 2003, 1638, 91-105.
• Van Der Wijst, M.G.; Van Tilburg, A.Y.; Ruiters, M.; Rots, M.G. Experimental mitochondria-targeted DNA methylation identifies GpC methylation, not CpG methylation, as potential regulator of mitochondrial gene expression. Sci. Rep. 2017, 7, 177.
• Iacobazzi, V.; Castegna, A.; Infantino, V.; Andria, G. Mitochondrial DNA methylation as a next-generation biomarker and diagnostic tool. Mol. Genet. Metab. 2013, 110, 25-34.

タイトルに関連する用語 (7件)： モデル ,  生物 ,  ミトコンドリアDNA ,  分布 ,  CpG ,  アイランド ,  比較分析