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J-GLOBAL ID：202102225287963296   整理番号：21A2437564

Hayスタックにおける針葉の発見は可能か?:ミッシング蛋白質をマイニングするためのロシアのプロテオミクスコンソーシアムにより提供される1000+MS/MSファイルの分析【JST・京大機械翻訳】

Is It Possible to Find Needles in a Haystack? Meta-Analysis of 1000+ MS/MS Files Provided by the Russian Proteomic Consortium for Mining Missing Proteins

著者 (13件)： Poverennaya Ekaterina (Institute of Biomedical Chemistry, Moscow 119121, Russia) ,  Kiseleva Olga (Institute of Biomedical Chemistry, Moscow 119121, Russia) ,  Ilgisonis Ekaterina (Institute of Biomedical Chemistry, Moscow 119121, Russia) ,  Novikova Svetlana (Institute of Biomedical Chemistry, Moscow 119121, Russia) ,  Kopylov Arthur (Institute of Biomedical Chemistry, Moscow 119121, Russia) ,  Ivanov Yuri (Institute of Biomedical Chemistry, Moscow 119121, Russia) ,  Kononikhin Alexei (Skolkovo Institute of Science and Technology, Skolkovo 143026, Russia) ,  Kononikhin Alexei (V.I. Kulakov National Medical Research Center of Obstetrics, Gynecology and Perinatology, Moscow 117198, Russia) ,  Gorshkov Mikhail (V.L. Talrose Institute for Energy Problems of Chemical Physics, Federal Research Center of Chemical Physics, Russian Academy of Sciences, Moscow 119334, Russia) ,  Gorshkov Mikhail (Moscow Institute of Physics and Technology (State University), Dolgoprudny 141700, Russia) ,  Kushlinskii Nikolay (Blokhin Russian Cancer Research Center, Moscow 115478, Russia) ,  Archakov Alexander (Institute of Biomedical Chemistry, Moscow 119121, Russia) ,  Ponomarenko Elena (Institute of Biomedical Chemistry, Moscow 119121, Russia)
資料名： Proteomes (Web)  (Proteomes (Web))
巻： 8  号： 2  ページ： 12  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7265A  ISSN： 2227-7382  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： プロテオミクスコミュニティの直接的または間接的努力にもかかわらず,蛋白質マップ上のブラインドスポットの割合は,まだ重要である。ヒト遺伝子のほぼ11%は欠損蛋白質をコードしている;その蛋白質はまだ疑問である。明らかに,プロテオミクスは,生体材料および/または条件の異常なタイプを拡大するために,あらゆる新規蛋白質の同定において,より多くの注意および cur雑さが発揮される必要があるとき,段階に達した。欠損蛋白質の発見に対する現在の従来のアプローチを消耗し,代替を研究する必要があると思われる。ここでは,非標準方法論的解の使用に基づく欠損蛋白質を解読し,過去5年間のロシアプロテオミクスコミュニティのメンバーによる希少型の生体試料に対して得られた多様なMS/MSデータを包含するアプローチを示した。これらのデータを,検索GUIパッケージの一部である3つの検索エンジンによって均一方法で再分析した。2つのペプチドで検出された2つの欠損と5つの不確かな蛋白質を同定した。さらに,149の蛋白質は単一プロテオタイプペプチドで検出された。最後に,著者らは,国際的コンソーシアムの必要条件を完全に満たす,欠損および不確かな蛋白質観察のさらなる検証のための実現可能な標的を示唆する遺伝子発現レベルを分析した。MSデータは,ProteomeX変化プラットフォーム(PXD014300)で利用可能である。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 質量分析 ,  不確実性 ,  ペプチド ,  遺伝子 ,  *タンパク質 ,  ヒト ,  生体試料 ,  遺伝子発現 ,  ロシア連邦 ,  検索エンジン ,  *プロテオミクス ,  プロテオーム
準シソーラス用語： 生体材料 ,  *コンソーシアム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： ヒトプロテオーム ,  欠損蛋白質 ,  不確実な蛋白質 ,  neXtProt ,  プロテオタイプペプチド ,  質量分析 ,  染色体中心ヒトプロテオームプロジェクト(C-HPP)

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  植物の生化学  (EH01050J)

引用文献 (60件)：

• Paik, Y.-K.; Jeong, S.-K.; Omenn, G.S.; Uhlen, M.; Hanash, S.; Cho, S.Y.; Lee, H.-J.; Na, K.; Choi, E.-Y.; Yan, F.; et al. The Chromosome-Centric Human Proteome Project for cataloging proteins encoded in the genome. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 221-223.
• Horvatovich, P.; Lundberg, E.K.; Chen, Y.-J.; Sung, T.-Y.; He, F.; Nice, E.C.; Goode, R.J.; Yu, S.; Ranganathan, S.; Baker, M.S.; et al. Quest for Missing Proteins: Update 2015 on Chromosome-Centric Human Proteome Project. J. Proteome Res. 2015, 14, 3415-3431.
• Ponomarenko, E.A.; Poverennaya, E.V.; Ilgisonis, E.V.; Pyatnitskiy, M.A.; Kopylov, A.T.; Zgoda, V.G.; Lisitsa, A.V.; Archakov, A.I. The Size of the Human Proteome: The Width and Depth. Int. J. Anal. Chem. 2016, 2016, 1-6.
• Poverennaya, E.V.; Ilgisonis, E.V.; Ponomarenko, E.A.; Kopylov, A.T.; Zgoda, V.G.; Radko, S.P.; Lisitsa, A.V.; Archakov, A.I. Why Are the Correlations between mRNA and Protein Levels so Low among the 275 Predicted Protein-Coding Genes on Human Chromosome 18? J. Proteome Res. 2017, 16, 4311-4318.
• Ilgisonis, E.V.; Kopylov, A.T.; Ponomarenko, E.A.; Poverennaya, E.V.; Tikhonova, O.V.; Farafonova, T.E.; Novikova, S.; Lisitsa, A.V.; Zgoda, V.G.; Archakov, A.I. Increased Sensitivity of Mass Spectrometry by Alkaline Two-Dimensional Liquid Chromatography: Deep Cover of the Human Proteome in Gene-Centric Mode. J. Proteome Res. 2018, 17, 4258-4266.

タイトルに関連する用語 (7件)： スタック ,  針葉 ,  発見 ,  蛋白質 ,  ロシア ,  ファイル ,  分析