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J-GLOBAL ID：202102225906884896   整理番号：21A2364839

Pak-choi(Brassica rapa ssp.chinensis)における熱ストレスのトランスクリプトームワイドN6-メチルアデノシン(m6A)メチロームプロファイリング【JST・京大機械翻訳】

Transcriptome-Wide N6-Methyladenosine (m6A) Methylome Profiling of Heat Stress in Pak-choi (Brassica rapa ssp. chinensis)

著者 (4件)： Liu Gaofeng (State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement/Key Laboratory of Biology and Germplasm Enhancement of Horticultural Crops in East China, Ministry of Agriculture/Engineering Research Center of Germplasm Enhancement and Utilization of Horticultural Crops, Ministry of Educat...) ,  Liu Gaofeng (Institute of Urban Agriculture, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Chengdu 610213, China) ,  Wang Jin (State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement/Key Laboratory of Biology and Germplasm Enhancement of Horticultural Crops in East China, Ministry of Agriculture/Engineering Research Center of Germplasm Enhancement and Utilization of Horticultural Crops, Ministry of Educat...) ,  Hou Xilin (State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement/Key Laboratory of Biology and Germplasm Enhancement of Horticultural Crops in East China, Ministry of Agriculture/Engineering Research Center of Germplasm Enhancement and Utilization of Horticultural Crops, Ministry of Educat...)
資料名： Plants (Web)  (Plants (Web))
巻： 9  号： 9  ページ： 1080  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7261A  ISSN： 2223-7747  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:より高い真核生物において,N6-メチルアデノシン(m6A)はメッセンジャーRNA修飾の最も一般的な内部型である。多重種におけるm6Aメチルゲノムのマッピングにより,mRNA上の可逆的m6Aメチル化の潜在的調節機能を明らかにした。最近の研究は,RNA m6A修飾がmRNA転写,位置,翻訳,安定性,スプライシングおよび核輸出に影響を及ぼすことを示した。しかし,Pak-choi(Brassica rapa ssp.chinensis)の暑熱ストレスにおけるm6Aトランスクリプトームワイドマップとその潜在的生物学的役割に関する十分なデータは存在しない。方法:本研究では,MeRIP-seqを用いて,Pak-choiにおけるRNA m6A修飾の最初のトランスクリプトームワイドプロファイリングを得た。一方,トランスクリプトームデータは,入力サンプル配列データを分析することによって得た。【結果】著者らの研究は,3つの複製で,正常(CK)と熱ストレス(T43)群で同定された11,252の共通m6Aピークと9729の共通m6A含有遺伝子があることを示した。m6Aピークは,CKとT43群で3つの非翻訳領域で高度に濃縮されていることが分かった。遺伝子の約80%は1m6A部位を持つ。m6Aピークのコンセンサス配列も濃縮され,AAACCV(V:U/A/G)として示された。加えて,会合分析は,m6Aメチル化の程度と転写レベルの間に一定の関係があることを見出し,m6Aが遺伝子発現において一定の調節的役割を果たすことを示した。結論:この研究におけるこの包括的なマップは,正常(CK)および熱ストレス(T43)条件下でのPak-choiにおけるRNA m6A修飾の潜在的機能を決定するための固体基礎を提供する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： メチル化 ,  RNA【核酸】 ,  mRNA ,  遺伝子 ,  多重化 ,  真核生物 ,  遺伝子発現 ,  *暑熱ストレス ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： 非翻訳領域 ,  コンセンサス配列 ,  転写調節 ,  プロファイリング ,  核輸出 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 特異的メチル化遺伝子 ,  熱ストレス ,  N6-メチルアデノシン ,  Pak-choi ,  転写調節

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (36件)：

• Wei, C.M.; Gershowitz, A.; Moss, B. Methylated nucleotides block 5′ terminus of HeLa cell messenger RNA. Cell 1975, 4, 379-386.
• Cantara, W.A.; Crain, P.F.; Rozenski, J.; McCloskey, J.A.; Harris, K.A.; Zhang, X.; Vendeix, F.A.; Fabris, D.; Agris, P.F. The RNA modification database, RNAMDB: 2011 update. Nucleic Acids Res. 2010, 39 (Suppl.1), D195-D201.
• Wei, W.; Ji, X.; Guo, X.; Ji, S. Regulatory Role of N6-methyladenosine (m6A) methylation in RNA processing and human diseases. J. Cell. Biochem. 2017, 118, 2534-2543.
• Niu, Y.; Zhao, X.; Wu, Y.S.; Li, M.M.; Wang, X.J.; Yang, Y.G. N6-methyladenosine (m6A) in RNA: An old modification with a novel epigenetic function. Genom. Proteom. Bioinform. 2013, 11, 8-17.
• Batista, P.J.; Molinie, B.; Wang, J.; Qu, K.; Zhang, J.; Li, L.; Bouley, D.M.; Lujan, E.; Haddad, B.; Daneshvar, K. m6A RNA modification controls cell fate transition in mammalian embryonic stem cells. Cell Stem Cell 2014, 15, 707-719.

タイトルに関連する用語 (4件)： PAK ,  Brassica ,  熱ストレス ,  トランスクリプトーム