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J-GLOBAL ID：202102225933656019   整理番号：21A0194491

初期パラメータシーディングのない単一チャネルデータからの遷移速度の獲得【JST・京大機械翻訳】

Obtaining transition rates from single-channel data without initial parameter seeding

著者 (1件)： Voldsgaard Clausen Michael (Aarhus Institute of Advanced Studies, Aarhus University, Aarhus, Denmark)
資料名： Channels  (Channels)
巻： 14  号： 1  ページ： 87-97  発行年： 2020年 
JST資料番号： W2370A  ISSN： 1933-6950  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景と目的:イオンチャンネルは,いくつかの異なる構造立体配座を採用できる膜蛋白質である。立体配座のいくつかは開放され,膜を通したイオンの通過を可能にする。他は閉鎖され,イオン流を妨げる。単一イオンチャンネルのパッチクランプ記録は,チャンネルが開放または閉鎖されるが,通常,いくつかの開放および閉鎖立体配座を含む根底にある機構を明らかにしないことを示す。単一チャネルデータの速度解析により,観測された開放および閉鎖時間のシーケンスを,イオンチャンネルの根底にある速度論を演繹するために提案したスキームに当てはめた。速度解析を行う現在のプログラムは,初期パラメータ推測を用いる。ここでは,大域的フィッティング手順を用い,初期パラメータシードを使用しない代替アプローチを開発し,試験した。【方法】単純最適化,遺伝的アルゴリズムおよびパーティクルスウォームの変動および組合せを使用する種々の適合アルゴリズムを,実際の分解能制限データとして取り除かれた短い事象を有するシミュレーションデータに対してテストした。【結果】初期パラメータを見つけるためのパーティクルスウォーム最適化を使用する2段階フィッティングアルゴリズム,次に,初期パラメータを微調整する修正シンプレックス法は,データシミュレーションに用いる正しい速度を見つける。結論:SCAIM(MATLABにおけるSingle Channel Analysis)は,単一チャネルデータの基礎となる速度スキームの演繹を容易にする。Please refer to the publisher for the copyright holders. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アルゴリズム ,  *イオン ,  最適化 ,  シミュレーション ,  立体配座 ,  シンプレックス法 ,  膜タンパク質 ,  スウォーム ,  イオンチャンネル ,  パッチクランプ法 ,  イオン電流 ,  遺伝的アルゴリズム
準シソーラス用語： 粒子群最適化 ,  MATLAB ,  動力学モデル , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 最適化アルゴリズム ,  単一チャネル解析 ,  根の発見 ,  動力学モデル

分類 (1件)： 細胞膜の輸送  (EF04020R)

タイトルに関連する用語 (6件)： 初期 ,  パラメータ ,  シーディング ,  チャネル ,  遷移 ,  獲得