文献

J-GLOBAL ID：202102227294717377   整理番号：21A0154492

統合バイオインフォマティクスアプローチによるクローディン-低乳癌における高度に上方制御された遺伝子の同定【JST・京大機械翻訳】

The identification of highly upregulated genes in claudin-low breast cancer through an integrative bioinformatics approach

著者 (1件)： Zayed Hatem (Department of Biomedical Sciences, College of Health Sciences, QU Health, Qatar University, Doha, Qatar)
資料名： Computers in Biology and Medicine  (Computers in Biology and Medicine)
巻： 127  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： E0858A  ISSN： 0010-4825  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 乳癌(BC)は世界中の女性における癌関連死の主要原因の1つであり,クローディン低乳癌(CLBC)はBCのサブタイプであり,ほとんど記述されていない。この研究は,CLBCに関わるアップレギュレートされた遺伝子と有意な経路を同定することを目的にした。SUM159細胞株は,ヒトCLBC組織に由来する;GSE50697データセットは,pBabe puro miR-203で処理したSUM159細胞の3つの複製と対照SUM159細胞(pBabe puro)の3つの複製を含む。データを正規化し,アップレギュレートし,ダウンレギュレートした遺伝子をlogFC値に基づいて同定した。遺伝子オントロジー(GO)と経路分析は,CLBC病因に関与する最も重要な経路と遺伝子を同定した。合計156の有意遺伝子を同定した(69の上方制御された遺伝子と64の下方制御された遺伝子)。アップレギュレートされた遺伝子は,経路解析から,CXCL8,IL1AおよびIL6遺伝子を含む老化関連分泌表現型が,1つ以上の経路(WikiPathwayおよびReactome)を通してマッピングされることを見出した。精製したGO分析から,MetaCore,Cortellis溶液ソフトウェアを用いて,IL-13シグナル伝達経路を同定した。この経路は,IL6,CXCL8,VEGF-C,NRG1およびEREG遺伝子を含み,いくつかの病因経路でハブ遺伝子としてマッピングされた。生存分析から,高レベルのIL6,CXCL8,およびEREGは生存率が高く,低レベルのVEGFCとNRG1は生存率が高かった。IL6およびCXCL8遺伝子は,最も有意であり,GOおよび精製GO分析において最も高度に表現した。本研究はCLBCの分子病理学に光を当て,CLBCの治療に対する潜在的バイオマーカーを提供するかもしれない。Copyright 2021 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  死 ,  ヒト ,  表現型 ,  老化 ,  生存率 ,  ソフトウェア ,  *乳房腫瘍 ,  ダウンレギュレーション ,  *アップレギュレーション ,  インターロイキン6 ,  バイオマーカー ,  病因
準シソーラス用語： インターロイキン13 ,  *クラウジン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 乳癌 ,  マイクロアレイ ,  クローディン低乳癌 ,  バイオマーカー ,  機能的濃縮分析 ,  差次的遺伝子発現

分類 (1件)： 腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N)

タイトルに関連する用語 (7件)： 統合 ,  バイオインフォマティクス ,  クローディン ,  乳癌 ,  上方制御 ,  遺伝子 ,  同定