NetConfer:複数の生物学的ネットワークの比較分析のためのWebアプリケーション【JST・京大機械翻訳】

Nagpal Sunil; Baksi Krishanu Das; Kuntal Bhusan K.; Kuntal Bhusan K.; Kuntal Bhusan K.; Mande Sharmila S.

文献

J-GLOBAL ID：202102227919482802 整理番号：21A0021945

NetConfer:複数の生物学的ネットワークの比較分析のためのWebアプリケーション【JST・京大機械翻訳】

NetConfer: a web application for comparative analysis of multiple biological networks

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資料名：
巻： 18 号： 1 ページ： 1-12 発行年： 2020年
JST資料番号： U7046A ISSN： 1741-7007 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

ほとんどの生物学的実験は,関心のある条件間の状態の変化または遷移を比較するために本質的に設計されている。データ集約研究における進歩は,生物学的データの比較分析を可能にする資源とツールの必要性を特に上昇させた。生物学的システムの複雑性と遺伝子,蛋白質,分類群,および代謝産物のようなそれらの様々な成分の相互作用を,グラフ理論ベースのネットワークによって推定し,表示し,可視化した。多重ネットワークの比較は,異なる生物系にわたる変動の同定を助け,それにより,更なる洞察を提供する。しかし,個々の生物学的ネットワークの生成,解析,可視化には多くのオンラインと独立のツールが存在するが,バッチプロセスへの利用と多重ネットワークの包括的比較は限られている。ここでは,複数のネットワーク比較方法論を実装し,組織化された解析ワークフローの形でそれらを提示するグラフィカルユーザインタフェイス(GUI)ベースのWebアプリケーションを提示した。種々の生物学的ネットワークの理解,洞察,および意味のある比較を容易化するためのエンドユーザに,専用比較可視化モジュールを提供した。公的に利用可能な微生物と遺伝子発現データを用いて,著者らのツールの有用性と力を実証した。NetConferツールは,限られたプログラミング専門知識を持つ生物学的データ解析の分野で働く研究者の要件を念頭に置いて開発された。また,それは,生物学的ならびに他のドメイン(会合ネットワークによる作業)からの高度なユーザにとって有用であり,それらが実装について wいていない結果に直接焦点を当てるので,準備されたワークフローから利益を得ることが期待される。Webバージョンは,インストールと依存性要件なしでこのアプリケーションを利用することができるが,スタンドアロンバージョンも,処理大規模ネットワークのオフライン要求を満たすために補足されている。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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分子・遺伝情報処理

引用文献 (38件)：

ISME J; “NetShift”: a methodology for understanding “driver microbes” from healthy and disease microbiome datasets; BK Kuntal, P Chandrakar, S Sadhu, SS Mande; 13; 2019; 442-454; 10.1038/s41396-018-0291-x; citation_id=CR1
Methods Mol Biol; The reconstruction and analysis of gene regulatory networks; G Zheng, T Huang; 2018; 1754; 137-154; citation_id=CR2
Faust K, Lima-Mendez G, Lerat J-S, Sathirapongsasuti JF, Knight R, Huttenhower C, et al. Cross-biome comparison of microbial association networks. Front Microbiol. 2015;6. https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.01200.
BioData Min; Using graph theory to analyze biological networks; GA Pavlopoulos, M Secrier, CN Moschopoulos, TG Soldatos, S Kossida, J Aerts; 4; 2011; 10; 10.1186/1756-0381-4-10; citation_id=CR4
Genome Res; Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks; P Shannon, A Markiel, O Ozier, NS Baliga, JT Wang, D Ramage; 13; 2003; 2498-2504; 10.1101/gr.1239303; citation_id=CR5

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