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J-GLOBAL ID：202102228632831904   整理番号：21A0017810

Sophora alopecuroidesにおける塩,アルカリ,および乾燥応答遺伝子のde novoトランスクリプトーム配列決定と解析【JST・京大機械翻訳】

De novo transcriptome sequencing and analysis of salt-, alkali-, and drought-responsive genes in Sophora alopecuroides

著者 (7件)： Yan Fan (College of Plant Science, Jilin University, Changchun City, China) ,  Zhu Youcheng (College of Plant Science, Jilin University, Changchun City, China) ,  Zhao Yanan (College of Plant Science, Jilin University, Changchun City, China) ,  Wang Ying (College of Plant Science, Jilin University, Changchun City, China) ,  Li Jingwen (College of Plant Science, Jilin University, Changchun City, China) ,  Wang Qingyu (College of Plant Science, Jilin University, Changchun City, China) ,  Liu Yajing (College of Plant Science, Jilin University, Changchun City, China)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-15  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 塩分,アルカリ度,および干ばつストレスは,植物成長と発達に影響する主要な非生物的ストレス因子である。Sophora alopecuroides L.は,Sophora属の多年生マメ科草本であり,主に西アジアと北西中国に分布する高塩分耐性砂固定先駆種である。S.alopecuroidesにおける非生物的ストレスに対する応答を評価した研究はほとんどない。この種にストレス耐性を付与する遺伝子のトランスクリプトームは以前に配列決定されていない。著者らの目的は,このトランスクリプトームを配列し,解析することであった。12のcDNAライブラリーを,対照および塩,アルカリおよび干ばつ処理のためにSophora alopecuroidesから得たmRNAから3回構築した。de novo集合を用いて,294bpの平均長で,902,812集合単一遺伝子を生成した。類似性検索に基づいて,545,615(60.43%)は,Nr,Nt,Pfam,KOG/COG,スイス-Prot,およびGOデータベースにおいて少なくとも1つの有意な整合があった。さらに,1673の差次的発現遺伝子(DEG)を塩処理,アルカリ処理からの8142,および干ばつ処理からの17,479から得た。82の転写因子ファミリーからの全部で11,936の転写因子遺伝子を塩,アルカリおよび干ばつストレス下で機能的に注釈付けし,これらはMYB,bZIP,NACおよびWRKYファミリーメンバーを含む。DEGは,ホルモンシグナル伝達経路,二次代謝産物および抗酸化酵素の生合成に関与した。これは,これらの経路またはプロセスが,S.alopecuroidesの塩,アルカリ,および干ばつストレスに対する耐性に関与するかもしれないことを示唆する。本研究は,参照ゲノムのない非モデル植物であるSophora alopecuroidesにおけるトランスクリプトーム参照配列データを初めて報告した。デジタル発現プロファイルを決定し,Sophora alopecuroidesに利用可能なゲノム資源を提供する塩,アルカリ,および干ばつストレスに関連した単一遺伝子の幅広い調査を発見した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  生合成 ,  mRNA ,  *遺伝子 ,  ホルモン ,  干ばつ ,  塩分 ,  マメ科 ,  転写因子 ,  二次代謝産物 ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： 抗酸化酵素 ,  cDNAライブラリー ,  非生物的ストレス ,  差次的遺伝子発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： Sophora alopecuroides ,  塩 ,  アルカリ ,  干ばつ ,  トランスクリプトーム ,  差次的発現遺伝子 ,  イルミネーションシークエンシング

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  植物に対する影響  (EE04030Z) ,  植物生理学一般  (EH02010Y)

引用文献 (119件)：

• Climate change Vis-a-Vis saline agriculture: impact and adaptation strategies; 2016; CR1; JC Dagar, PC Sharma, SK Chaudhari, HS Jat, A Sharif; citation_publisher=Springer
• Plant Growth Regul; NaCl and Na2SiO3 coexistence strengthens growth of the succulent xerophyte Nitraria tangutorum under drought; JJ Kang, WZ Zhao, Z Ming, Y Zheng, F Yang; 77; 2; 2015; 223-232; citation_id=CR2
• FAO/AGL Extent and causes of salt-affected soils in participating countries. FAO/AGL- global network on integrated soil management for sustainable use of salt-affected lands. 2000. http://www.fao.org/ag/agl/agll/spush/topic2.htm.
• Agric Resourc Econ Rev; Climate change, salinization and high-yield rice production in coastal Bangladesh; S Dasgupta, MM Hossain, M Huq, D Wheeler; 47; 1; 2018; 66-89; citation_id=CR4
• Mandal AK, Sharma RC, Singh G, Dagar JC. Computerized database on salt affected soils in India. Technical bulletin No.2/2010.

タイトルに関連する用語 (6件)： 塩 ,  アルカリ ,  応答 ,  遺伝子 ,  トランスクリプトーム ,  解析