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J-GLOBAL ID：202102230984744607   整理番号：21A1152126

同義変異体の病原性を予測するためのアンサンブルアプローチ【JST・京大機械翻訳】

An Ensemble Approach to Predict the Pathogenicity of Synonymous Variants

著者 (3件)： Ganakammal Satishkumar Ranganathan (Department of Healthcare Genetics, Clemson University, Clemson, SC 29634, USA) ,  Alexov Emil (Department of Healthcare Genetics, Clemson University, Clemson, SC 29634, USA) ,  Alexov Emil (Department of Physics and Astronomy, Clemson University, Clemson, SC 29634, USA)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 11  号： 9  ページ： 1102  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 単一ヌクレオチド変異体(SNV)は様々な疾患に寄与するヒトゲノムにおける遺伝的変異の主要な形態である。2種類のSNV,すなわち非同義(センス)変異体(nsSNV)と同義変異体(sSNV)があり,ミスセンスまたはnsSNVとは異なり,主にRNAプロセシングまたは遺伝子調節に関与するsSNVはアミノ酸配列を変化させず,下流機能研究の困難な候補になる。nsSNVの臨床的影響を評価するために多くの計算法が開発されているが,sSNVの効果を理解するための方法はほとんどない。この解析のために,保存,DNA-RNA,およびスプライシング特性のような様々な特徴を有するClinVarデータベースからsSNVをダウンロードした。特徴選択を行い,sSNVの病原性を予測する分類器を構築するためにアンサンブルランダムフォレスト(RF)分類アルゴリズムを実行した。選択した特徴(20の特徴)を有するアンサンブル予測子は,sSNVの分類を,高精度(87%),精度(79%),および再現率(91%)で,2つのカテゴリー,病原性および良性に高めることを示した。さらに,この予測モデルを用いて,未知の臨床的重要性を有するsSNVを再分類した。最後に,この方法は非常にロバストであり,他の未知のsSNVの効果を予測するために使用できる。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データベース ,  DNA【核酸】 ,  RNA【核酸】 ,  アミノ酸配列 ,  特徴選択 ,  *病原性 ,  遺伝的調節 ,  ロバスト性 ,  予測モデル ,  アンサンブル予報
準シソーラス用語： ヒトゲノム ,  分類アルゴリズム ,  高精度 ,  遺伝的変異 ,  ランダムフォレスト , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 同義変異体(sSNV) ,  ランダムフォレスト(RF) ,  病原性予測 ,  未知の有意性(VUS)の変異体

分類 (2件)： 遺伝的変異  (EC01030Y) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

引用文献 (33件)：

• Thusberg, J.; Vihinen, M. Pathogenic or not? And if so, then how? Studying the effects of missense mutations using bioinformatics methods. Hum. Mutat. 2009, 30, 703-714.
• Kucukkal, T.G.; Petukh, M.; Li, L.; Alexov, E. Structural and physico-chemical effects of disease and non-disease nsSNPs on proteins. Curr. Opin. Struct. Biol. 2015, 32, 18-24.
• Petukh, M.; Kucukkal, T.G.; Alexov, E. On human disease-causing amino acid variants: Statistical study of sequence and structural patterns. Hum. Mutat. 2015, 36, 524-534.
• Shen, H.; Li, J.; Zhang, J.; Xu, C.; Jiang, Y.; Wu, Z.; Zhao, F.; Liao, L.; Chen, J.; Lin, Y.; et al. Comprehensive Characterization of Human Genome Variation by High Coverage Whole-Genome Sequencing of Forty Four Caucasians. PLoS ONE 2013, 8, e59494.
• Stefl, S.; Nishi, H.; Petukh, M.; Panchenko, A.R.; Alexov, E. Molecular mechanisms of disease-causing missense mutations. J. Mol. Biol. 2013, 425, 3919-3936.

タイトルに関連する用語 (4件)： 変異体 ,  病原性 ,  予測 ,  アンサンブル