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J-GLOBAL ID：202102231091084466   整理番号：21A1150723

5種のPropionibacterium種の汎ゲノム誘導代謝ネットワーク再構成は広範な代謝多様性を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

A Pan-Genome Guided Metabolic Network Reconstruction of Five Propionibacterium Species Reveals Extensive Metabolic Diversity

著者 (6件)： McCubbin Tim (Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology, The University of Queensland, Brisbane, QLD 4072, Australia) ,  Gonzalez-Garcia R. Axayacatl (Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology, The University of Queensland, Brisbane, QLD 4072, Australia) ,  Palfreyman Robin W. (Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology, The University of Queensland, Brisbane, QLD 4072, Australia) ,  Stowers Chris (Corteva Agriscience, Indianapolis, IN 46268, USA) ,  Nielsen Lars K. (Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology, The University of Queensland, Brisbane, QLD 4072, Australia) ,  Marcellin Esteban (Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology, The University of Queensland, Brisbane, QLD 4072, Australia)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 11  号： 10  ページ： 1115  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Propionibacteriumは,産業へのそれらの関連性とヒト病原体としての重要性のため,1930年代初期から広く研究されている。それでも,それらのユニークな代謝は,完全には理解されていない。これは,部分的には,品質配列データの取得,利用可能なゲノムの正確な注釈,および遺伝子の機能特性化を妨げる,それらのシグネチャの高いGC含有量に起因する。いくつかの種に対するゲノム配列の最近の完成は,研究者がPropionibacterium属の分類学的分類を再評価して,それをいくつかの新しい遺伝子に分割した。このようなデータはまた,注釈に対する比較ゲノムアプローチを可能にし,それらの代謝の理解を再検討する新しい機会を提供する。最初の高品質Propionibacteriumゲノム規模の代謝モデルの再構成と組み合わせた汎ゲノム分析およびPropionibacterium属の現在および以前のメンバーの汎代謝モデルを用い,これら生物は,中心炭素代謝および代謝複雑性の隠れた層において予想外の多様性を有することを示す。この複合アプローチは,Propionibacterium代謝の進化に新しい洞察を与え,新しい推定フェレドキシン結合エネルギー保存戦略を提案する。汎ゲノムアプローチは,それらの環境への適応を反映するPropionibacterium代謝における重要な違いを強調した。結果は,代謝モデリング技術を用いて代謝をさらに探索するために使用できるゲノム規模の代謝再構築において数学的に捕捉された。全体として,データはPropionibacterium代謝と菌株の合理的設計のためのツールを探索するためのプラットフォームを提供する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 結合エネルギー ,  遺伝子 ,  ヒト ,  フェレドキシン ,  *ゲノム ,  再構成 ,  *Propionibacterium ,  病原体 ,  アノテーション
準シソーラス用語： 複雑性 ,  ゲノム配列 ,  分類学 ,  機能性 ,  高品質 ,  炭素代謝 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (10件)： Propionibacterium ,  Acidipropionibacterium ,  Cutibacterium ,  プロピオニバクテリア ,  パンゲノム ,  ゲノムスケールモデル ,  再注釈 ,  プロピオン酸 ,  RAST ,  KBase

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (94件)：

• Seeliger, S.; Janssen, P.H.; Schink, B. Energetics and kinetics of lactate fermentation to acetate and propionate via methylmalonyl-CoA or acrylyl-CoA. FEMS Microbiol. Lett. 2002, 211, 65-70.
• De Vries, W.; van Wyck-Kapteyn, W.M.C.; Stouthamer, A.H. Generation of ATP during Cytochrome-linked Anaerobic Electron Transport in Propionic Acid Bacteria. J. Gen. Microbiol. 1973, 76, 31-41.
• Scholz, C.F.P.; Kilian, M. The natural history of cutaneous propionibacteria, and reclassification of selected species within the genus Propionibacterium to the proposed novel genera Acidipropionibacterium gen. nov., Cutibacterium gen. nov. and Pseudopropionibacterium gen. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2016, 66, 4422-4432.
• Alexeyev, O.A.; Dekio, I.; Layton, A.M.; Li, H.; Hughes, H.; Morris, T.; Zouboulis, C.C.; Patrick, S. Why we continue to use the name Propionibacterium acnes. Br. J. Dermatol. 2018, 179, 1227.
• Rabah, H.; Rosa do Carmo, F.; Jan, G. Dairy Propionibacteria: Versatile Probiotics. Microorganisms 2017, 5, 24.

タイトルに関連する用語 (6件)： Propionibacterium ,  ゲノム ,  誘導 ,  代謝 ,  ネットワーク再構成 ,  多様性