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J-GLOBAL ID：202102231246780106   整理番号：21A2364109

Petunia hybridaにおけるNF-Y転写因子遺伝子ファミリーのゲノムワイド同定と発現プロファイル解析【JST・京大機械翻訳】

Genome-Wide Identification and Expression Profile Analysis of the NF-Y Transcription Factor Gene Family in Petunia hybrida

著者 (5件)： Wei Qian (Guangdong Key Laboratory for Innovative Development and Utilization of Forest Plant Germplasm, College of Forestry and Landscape Architecture, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China) ,  Wen Shiyun (Guangdong Key Laboratory for Innovative Development and Utilization of Forest Plant Germplasm, College of Forestry and Landscape Architecture, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China) ,  Lan Chuying (Guangdong Key Laboratory for Innovative Development and Utilization of Forest Plant Germplasm, College of Forestry and Landscape Architecture, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China) ,  Yu Yixun (Guangdong Key Laboratory for Innovative Development and Utilization of Forest Plant Germplasm, College of Forestry and Landscape Architecture, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China) ,  Chen Guoju (College of Horticulture, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China)
資料名： Plants (Web)  (Plants (Web))
巻： 9  号： 3  ページ： 336  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7261A  ISSN： 2223-7747  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 核因子Ys(NF-Ys)は,非生物的ストレス応答,開花期および根発生のような多くの生物学的過程において鍵となる役割を果たすヘテロ三量体転写因子のクラスである。ペチュニア(Petuniaハイブリッド)はモデル観賞植物であり,そのドラフトゲノムは公表されている。しかし,ペットにおけるNF-Y遺伝子ファミリーに関する詳細はない。ここでは,10のPhNF-YAs,13のPhNF-YB,および4つのPhNF-YCsを含む,ペチュニアゲノムからの27のNF-Yメンバーを同定した。多重アラインメントは,全てのPhNF-Y蛋白質が非保存配列により隣接している明確な保存コア領域を有することを示した。系統発生解析は,PetuniaとArabidopsisからの5対のオルソログNF-YB蛋白質,およびPetuniaにおける6対のパラログNF-Y蛋白質を同定した。遺伝子構造と保存モチーフの解析は,各亜科における密接な関連性をさらに確認した。バイオインフォマティクス解析は,16のPhNF-Ysが18のmiRNAファミリーによって標的化できることを明らかにした。RNA-seqの結果は,4つの主要な器官(葉,茎,花,および根)の間のPhNF-Ysの発現パターンが,6つの主要なグループにクラスタ化されたことを示した。PhNF-Ysのストレス応答パターンを寒冷,熱,乾燥および塩分処理下で同定した。RNA-seqデータに基づくと,3つの遺伝子が干ばつに応答し,4つの遺伝子が塩に応答し,10の遺伝子が寒冷に応答し,9つの遺伝子が熱に応答することを見出した。結論として,本研究はストレス応答におけるNF-Yの機能をさらに研究するための有用な情報を提供する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  タンパク質 ,  干ばつ ,  系統発生 ,  クラスタ化 ,  *ゲノム ,  ペチュニア ,  *転写因子 ,  Arabidopsis
準シソーラス用語： *Petunia ,  マイクロRNA ,  ストレス応答 ,  開花期 ,  非生物的ストレス ,  RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Petunia hybrida ,  NF-Y遺伝子ファミリー ,  遺伝子発現 ,  非生物的ストレス

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (58件)：

• Salehi-Lisar, S.Y.; Bakhshayeshan-Agdam, H. Drought Stress in Plants: Causes, Consequences, and Tolerance; Springer: Cham, Germany, 2016.
• Yamaguchi-Shinozaki, K.; Shinozaki, K. Organization of cis-acting regulatory elements in osmotic- and cold-stress-responsive promoters. Trends Plant. Sci. 2005, 10, 88-94.
• Maity, S.N.; De Crombrugghe, B. Role of the CCAAT-binding protein CBF/NF-Y in transcription. Trends Biochem. Sci. 1998, 23, 174-178.
• Li, M.; Li, G.; Liu, W.; Dong, X.; Zhang, A. Genome-wide analysis of the NF-Y gene family in peach (Prunus persica L.). BMC Genom. 2019, 20, 1-15.
• Kahle, J.; Baake, M.; Doenecke, D.; Albig, W. Subunits of the Heterotrimeric Transcription Factor NF-Y Are Imported into the Nucleus by Distinct Pathways Involving Importin and Importin 13. Mol. Cell. Biol. 2005, 25, 5339-5354.

タイトルに関連する用語 (8件)： Petunia ,  NF-Y ,  転写因子 ,  遺伝子ファミリー ,  ゲノム ,  同定 ,  発現プロファイル ,  解析