文献

J-GLOBAL ID：202102231988107887   整理番号：21A1150962

Noug(Guizotia abyssinica)の新規トランスクリプトームベースSNPマーカーおよび集団遺伝学分析のためのKASPマーカーへの変換【JST・京大機械翻訳】

New Transcriptome-Based SNP Markers for Noug (Guizotia abyssinica) and Their Conversion to KASP Markers for Population Genetics Analyses

著者 (8件)： Tsehay Sewalem (Department of Plant Breeding, Swedish University of Agricultural Sciences, P.O. Box 101, 23053 Alnarp, Sweden) ,  Ortiz Rodomiro (Department of Plant Breeding, Swedish University of Agricultural Sciences, P.O. Box 101, 23053 Alnarp, Sweden) ,  Johansson Eva (Department of Plant Breeding, Swedish University of Agricultural Sciences, P.O. Box 101, 23053 Alnarp, Sweden) ,  Bekele Endashaw (Department of Microbial, Cellular and Molecular Biology, Addis Ababa University, P.O. Box 1176, Addis Ababa, Ethiopia) ,  Tesfaye Kassahun (Department of Microbial, Cellular and Molecular Biology, Addis Ababa University, P.O. Box 1176, Addis Ababa, Ethiopia) ,  Tesfaye Kassahun (Ethiopian Biotechnology Institute, P.O. Box 5954, Addis Ababa, Ethiopia) ,  Hammenhag Cecilia (Department of Plant Breeding, Swedish University of Agricultural Sciences, P.O. Box 101, 23053 Alnarp, Sweden) ,  Geleta Mulatu (Department of Plant Breeding, Swedish University of Agricultural Sciences, P.O. Box 101, 23053 Alnarp, Sweden)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 11  号： 11  ページ： 1373  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノム資源の開発と利用は,それらの効率的な保存と強化のための作物の集団遺伝学を理解するために不可欠である。Noug(Guizotia abyssinica)は,エチオピアとインドの経済的に重要な油料種子作物である。本研究はこの作物の新しいDNAマーカーの開発を試みた。トランスクリプトーム配列決定を2つの遺伝子型で実施し,959の一塩基多型(SNP)を含む628の転写産物配列を開発した。競合対立遺伝子特異的PCR(KASP)アッセイを,SNPのために開発し,24のアクセッションの遺伝子型決定のために使用した。合計554の遺伝子座を,系統種全体で首尾よく遺伝子型決定して,202の多型遺伝子座を,個体群遺伝学分析のために使用した。遺伝子座の多型情報量(PIC)は平均0.24で0.01から0.37まで変化し,遺伝子座の約49%はHardy-Weinberg平衡から有意な偏差を示した。平均予想ヘテロ接合性は0.27であり,系統内の中程度に高い遺伝的変異を示唆した。低いが有意な分化が系統間に存在した(FST=0.045,p<0.0001)。孤立した地域からの在来種個体群は有用な突然変異を持ち,この作物の育種において保存され,使用されるべきである。本研究で開発したゲノム資源は,集団遺伝学研究に有用であり,例えば,関連遺伝学にも使用できることを示した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 農作物 ,  遺伝子型 ,  突然変異 ,  ゲノム ,  油料種子 ,  *集団遺伝 ,  個体群 ,  在来種 ,  DNAマーカー ,  一塩基多型 ,  *トランスクリプトーム
準シソーラス用語： ヘテロ接合性 ,  遺伝的変異 ,  遺伝子タイピング ,  *SNPマーカー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (10件)： 遺伝的多様性 ,  ジェノ ,  Guizotia ,  Hardy-Weinberg平衡 ,  ヘテロ接合性 ,  KASPマーカー ,  ヌーグ ,  集団構造 ,  SNP ,  トランスクリプトーム

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  豆類  (FC03035U)

引用文献 (89件)：

• Dagne, K.; Heneen, W.K. The karyotype and nucleoli of Guizotia abyssinica (Compositae). Hereditas 2008, 117, 73-83.
• Hiremath, S.C.; Murthy, H.N. Cytological studies in Guizotia (Asteraceae). Caryologia 1992, 45, 69-82.
• Dagne, K. Karyotypes, C-banding and nucleolar numbers in Guizotia (Compositae). Plant Syst. Evol. 1995, 195, 121-135.
• Hiremath, S.C.; Murthy, H.N.; Salimath, S.S. Quantitative nuclear DNA differences associated with genome evolution in Guizotia (Compositae). Genetica 1992, 85, 241-247.
• Ohta, T. Further Examples of Evolution by Gene Duplication Revealed through DNA Sequence Comparisons. Genetics 1994, 138, 1331-1337.

タイトルに関連する用語 (5件)： トランスクリプトーム ,  SNPマーカー ,  集団遺伝学 ,  分析 ,  マーカー