抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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【目的】バイオインフォマティクス(バイオインフォマティクス)を用いて,星状細胞腫の予後バイオマーカーをスクリーニングした。方法:まず、GEO(geneexpressionomnibus,GEO)データベースにおける星型膠細胞腫の遺伝子チップデータをダウンロードし、R言語により4つのデータセットからの遺伝子チップデータを合併する。統合した194人由来の脳組織サンプルを,2つの群に分けた。星状膠細胞腫群と正常群。次に,オリジナル遺伝子チップのバッチ効果除去と標準化処理を行い,密度マップと主成分分析(PCA)を用いて処理前後の効果を評価した。R言語中のlimmaパッケージを用いて処理した遺伝子チップデータに対して差次的発現分析を行い、それによって星型グリア細胞腫群と正常群の間の差異発現遺伝子(differentiallyexpressedgenes,DEGs)を選別した。次に、差次的発現遺伝子に対してGO(geneontology、GO)分析とKEGG(kyotoencyclopediaofgenesandgenomes、KEGG)分析を行った。すべての遺伝子の発現マトリックスに対してGSEA(genesetenrichmentanalysis,GSEA)分析を行った。STRINGデータベースを用いて、差次的発現遺伝子のタンパク質-タンパク質相互作用ネットワーク(protein-proteininterac-tion、PPI)を構築し、CytoscapeのcytoHubba挿入によりHub遺伝子を選別した。星型グリア細胞におけるHub遺伝子の診断価値と予後価値を探索するため、著者らはTCGA(thecancergenomeatlas,TCGA)データベースにおける遺伝子発現データと臨床予後資料をダウンロードした。ROC曲線を用いてHub遺伝子の診断価値を評価し、診断価値の高いHub遺伝子に対してCOX回帰を行い、HR値の最も有意義な遺伝子をスクリーニングし、総生存分析(overallsurvival,OS)を行った。【結果】合計1043個の差次的発現遺伝子を,limmaパッケージの共分析によって得た。GO分析の結果、差次的発現遺伝子は主に神経シナプスの機能に影響することで作用する。KEGG分析の結果は,カルシウムシグナル伝達経路,cAMPシグナル伝達経路,MAPKシグナル伝達経路,PI3K-Aktシグナル伝達経路,Rap1シグナル伝達経路,Rasシグナル伝達経路が星状膠芽腫において重要な役割を果たしていることを示した。GSEAの濃縮分析結果は,サイトカイン-サイトカイン受容体相互作用,JAK-STATシグナル経路,逆行性内因性カンナビノイドシグナル,神経活性リガンド-受容体相互作用,GABA作動性シナプスおよびカルシウムシグナル経路などの経路に主に集中した。ADCY1,ANXA1,PENKなどの20のHub遺伝子をPPIネットワークで総分析して得た。Hub遺伝子の診断価値と予後価値を評価することにより、SSTは星型膠細胞腫が診断マーカーとして、予後バイオマーカーとして用いることができることが分かった。結論:バイオインフォマティクス分析により、SSTが星型グリア細胞の予後バイオマーカーとして発見され、Rap1シグナル伝達経路が星型グリア細胞分子メカニズムにおける新たな経路となる可能性が予測されている。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】
