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J-GLOBAL ID：202102233174106327   整理番号：21A2682906

免疫細胞分化の深層学習【JST・京大機械翻訳】

Deep learning of immune cell differentiation

著者 (16件)： Maslova Alexandra (Department of Statistics, University of British Columbia, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada) ,  Maslova Alexandra (Department of Medical Genetics, University of British Columbia, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada) ,  Ramirez Ricardo N. (Department of Immunology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115) ,  Ma Ke (Department of Computer Science, University of British Columbia, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada) ,  Schmutz Hugo (Department of Immunology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115) ,  Wang Chendi (Department of Statistics, University of British Columbia, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada) ,  Wang Chendi (Department of Medical Genetics, University of British Columbia, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada) ,  Fox Curtis (Department of Computer Science, University of British Columbia, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada) ,  Ng Bernard (Department of Statistics, University of British Columbia, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada) ,  Ng Bernard (Department of Medical Genetics, University of British Columbia, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada) ,  Benoist Christophe (Department of Immunology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115) ,  Mostafavi Sara (Department of Statistics, University of British Columbia, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada) ,  Mostafavi Sara (Department of Medical Genetics, University of British Columbia, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada) ,  Mostafavi Sara (Canadian Institute for Advanced Research, CIFAR AI, Toronto, ON M5G 1M1, Canada) ,  Mostafavi Sara (Vector Institute, Toronto, ON M5G 1M1, Canada) ,  Immunological Genome Project
資料名： Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)
巻： 117  号： 41  ページ： 25655-25666  発行年： 2020年 
JST資料番号： D0387A  ISSN： 0027-8424  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 多くの配列特異的転写因子(TF)を知っているが,シス調節エレメントのDNA配列がどのように解読され,免疫細胞分化を決定するゲノムスケールで調整されるかは我々の把握を超えている。81の免疫細胞型にわたるクロマチンアクセシビリティの粒状アトラスを切断し,畳み込みニューラルネットワーク(CNN)が調節DNA配列のみから細胞型特異的クロマチンアクセシビリティを推論できるかどうかを尋ねた。CNNパラメータ解釈に対するテーラードアーキテクチャとアンサンブルアプローチにより,著者らの訓練ネットワーク(AI-TAC)は,既知のレギュレータといくつかの未知のものに対する結合モチーフをab initioで再識別することにより,そうであることを示した。その重要性は,いくつかのTFsに対するクロマチン免疫沈降により決定される位置と,機能的に重要な重複として,実質的に学習される。AI-TACは,TFの階層構造と,系統仕様を駆動するそれらの相互作用を確立し,また,Pax5/Ebf1対Pax5/Prdm1のような段階特異的相互作用,または異なる細胞型における異なるNF-κB二量体の役割を同定した。AI-TACは,Spi1/CebpおよびPax5/Ebf1を,それぞれ,骨髄およびB系統運命に必要なドライバーとして割り当てるが,T細胞分化には,ほとんど必要と思われず,これは,フォールバック経路を表す可能性がある。マウス訓練AI-TACは,ヒトDNAを分離でき,影響TFの著しく類似したランキングを明らかにし,AI-TACが一般化可能な調節配列復号器である付加的支持を提供する。したがって,深層学習は,免疫系の完全な分化的複雑性の調節的構文予測を明らかにすることができる。Copyright 2021 The Author(s). Published by PNAS. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  ネットワーク ,  DNA【核酸】 ,  クロマチン ,  骨髄 ,  調節遺伝子 ,  ヒト ,  *分化 ,  T細胞 ,  計算機アーキテクチャ ,  *細胞分化
準シソーラス用語： DNA配列 ,  *免疫細胞 ,  Pax5 ,  *深層学習 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (2件)： 人工知能 ,  遺伝子調節

分類 (1件)： 免疫反応一般  (ED03010T)

タイトルに関連する用語 (3件)： 免疫細胞 ,  分化 ,  深層学習