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J-GLOBAL ID：202102234641136829   整理番号：21A0181737

自由エネルギー計算による共有結合阻害剤の親和性と選択性評価【JST・京大機械翻訳】

Affinity and Selectivity Assessment of Covalent Inhibitors by Free Energy Calculations

著者 (3件)： Mihalovits Levente M. (Medicinal Chemistry Research Group, Research Centre for Natural Sciences, Hungary) ,  Ferenczy Gyoergy G. (Medicinal Chemistry Research Group, Research Centre for Natural Sciences, Hungary) ,  Keseru Gyoergy M. (Medicinal Chemistry Research Group, Research Centre for Natural Sciences, Hungary)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 60  号： 12  ページ： 6579-6594  発行年： 2020年 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 共有結合阻害剤は,長い滞留時間,高い生化学効率,および特異性などの有益な性質のために,薬物発見においてますます注目を集めている。共有結合阻害剤の最適化は,非共有認識要素の平行モニタリングと,分子類の共有結合反応性を含む複雑な作業であり,潜在的固有副作用を回避する。この課題は,様々な計算化学法を含む特別な設計プロトコルを要求する。共有結合阻害は多段階を通して進行し,その後の結合過程に沿ったその後の結合事象の自由エネルギー変化を計算することは,薬物候補の設計をよりよく制御することを助けるであろう。可逆結合材料に関する自由エネルギー計算の最近の成功に触発されて,著者らは,それぞれ,平均力(PMF)計算の熱力学的統合およびハイブリッド量子力学/分子機械的(QM/MM)ポテンシャルによる非共有結合および共有結合段階に関連した自由エネルギーを計算するための複雑なプロトコルを開発した。最適化設定において,共有結合阻害剤を標的化する不可逆的システインの同族体セットと複合した2つの治療関連蛋白質を調べた。選択性パラダイムにおいて,変異法により系統発生的に近い標的への共有結合阻害剤の不可逆的結合を研究した。計算の結果は,酵素阻害剤結合の阻害と速度定数(K_iとk_inact)に由来する実験的自由エネルギー値と良く一致した。提案した方法は,不可逆的共有結合阻害剤の効力,選択性および結合機構を予測する強力なツールである。Copyright 2021 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *自由エネルギー ,  最適化 ,  熱力学 ,  酵素阻害剤 ,  タンパク質 ,  副作用 ,  量子論 ,  系統発生 ,  *親和性 ,  *共有結合 ,  ターゲティング ,  計算化学
準シソーラス用語： 非共有結合 ,  分子機械 ,  *自由エネルギー計算 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  薬物学一般  (GV01010J)

タイトルに関連する用語 (6件)： 自由エネルギー計算 ,  共有結合 ,  阻害剤 ,  親和性 ,  選択性 ,  評価