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J-GLOBAL ID：202102235426924419   整理番号：21A2062854

全トランスクリプトームRNA-seqデータの解析は乾燥ストレス条件下のダイズ根における多くの選択的スプライシング事象を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Analysis of Whole Transcriptome RNA-seq Data Reveals Many Alternative Splicing Events in Soybean Roots under Drought Stress Conditions

著者 (9件)： Song Li (Joint International Research Laboratory of Agriculture and Agri-Product Safety, Jiangsu Key Laboratory of Crop Genomics and Molecular Breeding, Co-Innovation Center for Modern Production Technology of Grain Crops, Yangzhou University, Yangzhou 225009, China) ,  Pan Zhenzhi (Joint International Research Laboratory of Agriculture and Agri-Product Safety, Jiangsu Key Laboratory of Crop Genomics and Molecular Breeding, Co-Innovation Center for Modern Production Technology of Grain Crops, Yangzhou University, Yangzhou 225009, China) ,  Chen Lin (Joint International Research Laboratory of Agriculture and Agri-Product Safety, Jiangsu Key Laboratory of Crop Genomics and Molecular Breeding, Co-Innovation Center for Modern Production Technology of Grain Crops, Yangzhou University, Yangzhou 225009, China) ,  Dai Yi (Joint International Research Laboratory of Agriculture and Agri-Product Safety, Jiangsu Key Laboratory of Crop Genomics and Molecular Breeding, Co-Innovation Center for Modern Production Technology of Grain Crops, Yangzhou University, Yangzhou 225009, China) ,  Wan Jinrong (National Center for Soybean Biotechnology and Division of Plant Sciences, University of Missouri, Columbia, MO 65211, USA) ,  Ye Heng (National Center for Soybean Biotechnology and Division of Plant Sciences, University of Missouri, Columbia, MO 65211, USA) ,  Nguyen Henry T. (National Center for Soybean Biotechnology and Division of Plant Sciences, University of Missouri, Columbia, MO 65211, USA) ,  Zhang Guozheng (National Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, National Center for Soybean Improvement, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China) ,  Chen Huatao (Institute of Industrial Crops, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing 210014, China)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 11  号： 12  ページ： 1520  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 選択的スプライシング(AS)は,プロテオーム多様性を増加させるための遺伝子発現を調節する一般的な転写後調節機構である。増加する証拠は,ASが植物ストレス応答の調節に重要な役割を果たすことを示している。しかし,ダイズの干ばつ応答を調節する転写調節とAS座標が協調する機構は,あまり理解されていない。本研究では,高処理RNA配列決定法を用いて,種々の乾燥条件下で生育したダイズ(Glycine max)根におけるAS事象のゲノムワイド分析を行い,非常に穏やかな干ばつストレス,厳しい干ばつストレス,および厳しい乾燥条件後の回復の下で,それぞれ,有意に異なるスプライスを受けた385,989,1429,および465のAS事象を同定した。それらの中で,代替3スプライス部位とスキップエキソンがASの主要なタイプであった。全体として,有意なAS調節を経験した2120の遺伝子が,これらの乾燥処理根試料から同定された。遺伝子オントロジー用語分析は,結合活性のAS調節がダイズ根の乾燥応答において重要な役割を有することを示した。特に,スプライスソーム経路およびmRNA監視経路におけるスプライシング調節因子をコードする遺伝子は,遺伝子およびゲノム経路濃縮分析の京都エンシクロペディアにより豊富であった。ダイズ根におけるスプライシング調節因子関連遺伝子は干ばつストレスにも応答し,干ばつ条件下で交互にスプライスされた。まとめると,著者らのデータは,乾燥応答ASがダイズ根の乾燥応答を調節する直接的または間接的モードとして作用することを示唆する。非生物的ストレスのプロセスにおけるASの機能と機構のさらに詳細な研究とともに,これらの結果は植物のストレス耐性を強化するための新しい戦略を提供するであろう。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  mRNA ,  遺伝子 ,  *ダイズ ,  干ばつ ,  ゲノム ,  *トランスクリプトーム ,  プロテオーム
準シソーラス用語： ストレス応答 ,  *乾燥ストレス ,  調節因子 ,  転写調節 ,  非生物的ストレス ,  スプライス部位 ,  *RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ダイズ ,  根 ,  選択的スプライシング ,  干ばつ応答 ,  トランスクリプトーム

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  植物生理学一般  (EH02010Y)

引用文献 (64件)：

• Dugas, D.V.; Monaco, M.; Olson, A.; Klein, R.R.; Kumari, S.; Ware, D.; Klein, P.E. Functional annotation of the transcriptome of Sorghum bicolor in response to osmotic stress and abscisic acid. BMC Genom. 2011, 12, 514.
• Gracheva, E.O.; Cordero-Morales, J.F.; González-Carcacía, J.A.; Ingolia, N.T.; Manno, C.; Aranguren, C.I.; Weissman, J.S.; Julius, D. Ganglion-specific splicing of TRPV1 underlies infrared sensation in vampire bats. Nature 2011, 476, 88-91.
• Kriechbaumer, V.; Wang, P.; Hawes, C.; AbellRobert, B.M. Alternative splicing of the auxin biosynthesis gene YUCCA4 determines its subcellular compartmentation. Plant J. 2012, 70, 292-302.
• Pikaard, C.S.; Scheid, O.M. Epigenetic Regulation in Plants. Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2014, 6, a019315.
• Xing, Y.; Zhang, Q. Genetic and Molecular Bases of Rice Yield. Annu. Rev. Plant Biol. 2010, 61, 421-442.

タイトルに関連する用語 (8件)： トランスクリプトーム ,  RNA-seq ,  解析 ,  乾燥ストレス ,  ダイズ ,  根 ,  選択的スプライシング ,  事象