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J-GLOBAL ID：202102236271141549   整理番号：21A1151089

ガーナの食肉源から分離したEscherichia coli株のVirulome,病原性,ストレス応答因子,クローン系統および系統学的関係へのゲノム研究【JST・京大機械翻訳】

Genomic Investigation into the Virulome, Pathogenicity, Stress Response Factors, Clonal Lineages, and Phylogenetic Relationship of Escherichia coli Strains Isolated from Meat Sources in Ghana

著者 (6件)： Adzitey Frederick (Department of Veterinary Science, University for Development Studies, P. O. Box TL 1882, Tamale 00233, Ghana) ,  Asante Jonathan (Antimicrobial Research Unit, Infection Genomics and Applied Bioinformatics Division, University of KwaZulu-Natal, Durban 4000, South Africa) ,  Kumalo Hezekiel M. (School of Laboratory Medicine and Medical Science, University of KwaZulu-Natal, Durban 4000, South Africa) ,  Khan Rene B. (School of Laboratory Medicine and Medical Science, University of KwaZulu-Natal, Durban 4000, South Africa) ,  Somboro Anou M. (School of Laboratory Medicine and Medical Science, University of KwaZulu-Natal, Durban 4000, South Africa) ,  Amoako Daniel G. (Antimicrobial Research Unit, Infection Genomics and Applied Bioinformatics Division, University of KwaZulu-Natal, Durban 4000, South Africa)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 11  号： 12  ページ： 1504  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 大腸菌は肉源から報告された感染と関連する最も一般的な食品媒介病原体である。本研究では,全ゲノム配列決定を用いてガーナの異なる肉源から分離した大腸菌のウイルス,病原性,ストレス応答因子,クローン系統および系統ゲノム関係を調べた。5つの肉源(牛肉,チェボーン,モルモット,局所ニワトリ,および羊肉)と5つの地域(Aboabo,中央市場,Nyorni,Vicory cinma,およびTishegu)から,ガーナのTamale Metroolisに基づいて分離株をスクリーニングした。微生物同定に続いて,大腸菌株を全ゲノム配列決定に供した。比較可視化分析は,菌株の異なるDNAシンテニーを示した。分離株は,ST155(n=3/14)が最も一般的である多様な配列型(STs)から成っていた。研究配列タイプの関連配列タイプ(eBURST)分析は,4つの類似クローン,5つの単一遺伝子座変異体,および2つの衛星クローン(より遠く離れた)を,グローバルに湾曲した大腸菌STsで識別した。すべての分離株は少なくとも1つの制限修飾(R-M)とCRISPR防御システムを持っていた。さらなる分析は,菌株における保存されたストレス応答機構(解毒,浸透圧,酸化およびペリプラズムストレス)を明らかにした。病原性の推定は,より高い平均確率スコア(Pスコア0.937)を予測し,ヒトへの病原性の可能性を支持した。クローン特異的である多様な病原性遺伝子を同定した。メタデータ洞察と組み合わせたPhyloゲノム樹分析は,それらの肉源および地域と相関のない大腸菌分離株の高い遺伝的多様性を示した。このバイオインフォマティクスの知見は,肉源における大腸菌の理解をさらに理解し,ガーナの肉小売設定における汚染制御戦略の設計に広く関連する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *大腸菌 ,  DNA【核酸】 ,  牛肉 ,  ヒト ,  モルモット ,  可視化 ,  系統発生 ,  *ゲノム ,  *病原性 ,  *クローン
準シソーラス用語： シンテニー ,  バイオインフォマティクス ,  *ストレス応答 ,  ゲノム配列 ,  分離株 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： ゲノミクス ,  ビルローム ,  ストレス応答 ,  クローン性 ,  系統発生解析 ,  大腸菌 ,  食肉

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  食品衛生一般  (FJ01051H)

引用文献 (81件)：

• Octavia, S.; Lan, R. The Family Enterobacteriaceae. In The Prokaryotes; Springer: Berlin/Heidelberg, Germany, 2014; pp. 225-286. ISBN 9783642389221.
• Feng, P.; Weagant, S.D.; Grant, M.A.; Burkhardt, W. Enumeration of Escherichia coli and the Coliform Bacteria. In Bacteriological Analytical Manual; Food & Drug Administration (FDA): Silver Spring, MD, USA, 2018; pp. 21-34.
• Croxen, M.A.; Law, R.J.; Scholz, R.; Keeney, K.M.; Wlodarska, M.; Finlay, B.B. Recent Advances in Understanding Enteric Pathogenic Escherichia coli. Clin. Microbiol. Rev. 2013, 26, 822-880.
• Luna-Guevara, J.J.; Arenas-Hernandez, M.M.P.; De La Peña, C.M.; Silva, J.L.; Luna-Guevara, M.L. The Role of Pathogenic E. coli in Fresh Vegetables: Behavior, Contamination Factors, and Preventive Measures. Int. J. Microbiol. 2019, 2019, 1-10.
• Nataro, J.P.; Kaper, J.B. Diarrheagenic Escherichia coli. Clin. Microbiol. Rev. 1998, 11, 142-201.

タイトルに関連する用語 (12件)： ガーナ ,  食肉 ,  Escherichia ,  株 ,  病原性 ,  ストレス応答 ,  因子 ,  クローン ,  系統 ,  系統学 ,  ゲノム ,  研究