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J-GLOBAL ID：202102236473593116   整理番号：21A0120722

TCGAデータベースに基づき,胃癌の生存期を予測する遺伝子を予備的にスクリーニングした。【JST・京大機械翻訳】

Screening differential genes and prognostic analysis of gastric cancer based on TCGA database

著者 (4件)： Zou Wenjing (西安市第五医院老年病科 710082) ,  He Shuixiang (西安交通大学第一附属医院消化内科 710061) ,  Liu Dan (西安市第五医院老年病科 710082) ,  Li Xu (陜西省腫瘤医院腫瘤内科,西安 710061)
資料名： Guoji Zhongliuxue Zazhi  (Guoji Zhongliuxue Zazhi)
巻： 47  号： 4  ページ： 211-216  発行年： 2020年 
JST資料番号： C4407A  ISSN： 1673-422X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 目的:癌ゲノムプロファイリング(TCGA)における大量の胃癌ゲノムデータを利用して,胃癌組織に差次的に発現する遺伝子において予後に関連する遺伝子をマイニングする。方法:TCGAデータベースに胃腺癌関連遺伝子のチップデータをダウンロードし、R言語データ前処理及びedgeRによる遺伝子発現データの差異発現分析を行い、R言語を用いて差異遺伝子に対して遺伝子オントロジー(GO)濃縮及びKEGG生物経路分析を行った。多変量段階的回帰Cox分析は,生存期に影響する遺伝子を予測し,Kaplan-MeierPlotter(http://Kaplan-MeierPlotter.com)サイトを用いて上記で得られた遺伝子のオンライン生存分析を行った。【結果】TCGAデータベースから,305の胃癌標本と30の隣接組織が選択された。3231の胃癌差異遺伝子が得られ,そのうち2005遺伝子が上方制御され,1226遺伝子が下方制御された。GO濃縮は主に抗原結合,セリンヒドロラーゼ活性,受容体リガンド活性,セリン型ペプチダーゼ活性,セリン型エンドペプチダーゼ活性,グリコサミノグリカン結合,サイトカイン活性,ホルモン活性,ペプチダーゼ阻害剤活性,メタロチナーゼ活性などの分子機能に集中した。KEGG生物経路分析は主に化学発癌物質、神経活性受容体-リガンド相互作用、サイトカイン-サイトカイン受容体相互作用、シトクロムP450による有害物質の代謝、タンパク質の消化と吸収、黄色ブドウ球菌感染、レチノール代謝、及び代謝に関与する。薬物代謝P450、ステロイドホルモン代謝、膵液分泌など。Cox分析は,遺伝子GPX3とSERPINE1が胃癌患者の生存期間に有意に影響することを示した。受信者動作特性曲線分析によると、GPX3とSERPINE1発現量の高低は胃癌患者の生存期に対して一定の予測価値があり、両者の閾値がそれぞれ0.46、0.68の時、敏感性は60.35%、特異性は82.06%、曲線下面積は0であった。763(95%CIは0.8280.936)であった。Kaplan-Meier分析は,GPX3(P<0.001)とSERPINE1遺伝子(P=0.001)の過剰発現が胃腺癌の予後と有意に相関することを明らかにした。結論:SERPINE1、GPX3遺伝子発現が高いほど、胃癌患者の生存期間が短くなり、両者は胃癌の予測予後の標的となる可能性がある。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  *データベース ,  *遺伝子 ,  抗原 ,  ステロイドホルモン ,  ペプチダーゼ ,  予後 ,  遺伝子発現 ,  *胃腫瘍 ,  ダウンレギュレーション ,  アップレギュレーション ,  サイトカイン ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族アルコール ,  脂肪族カルボン酸 ,  アミノアルコール ,  ヒドロキシ酸
準シソーラス用語： リガンド ,  過剰発現 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 消化器の腫よう  (GH04000D) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

物質索引 (1件)： セリン

タイトルに関連する用語 (6件)： データベース ,  胃癌 ,  生存 ,  予測 ,  遺伝子 ,  スクリーニング