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J-GLOBAL ID：202102237598955113   整理番号：21A0162747

ケランタン,河川流域における種々の土地利用からの細菌群集のメタゲノムデータ【JST・京大機械翻訳】

Metagenomic data of bacterial community from different land uses at the river basin, Kelantan

著者 (6件)： Rupert Rennielyn (Biotechnology Research Institute, Universiti Malaysia Sabah, Jalan UMS, Kota Kinabalu, Sabah 88400, Malaysia) ,  Lie Grace Joy Chin Wei (Biotechnology Research Institute, Universiti Malaysia Sabah, Jalan UMS, Kota Kinabalu, Sabah 88400, Malaysia) ,  John Daisy Vanitha (Department of Neuromicrobiology, National Institute of Mental Health and Neurosciences, Bangalore, India) ,  Annammala Kogila Vani (Centre for Environmental Sustainability and Water Security (IPASA), Universiti Teknologi Malaysia, Johor, Malaysia) ,  Jani Jaeyres (BorneoMedical and Health Research Center, Universiti Malaysia Sabah, Kota Kinabalu, Sabah 88400, Malaysia) ,  Rodrigues Kenneth Francis (Biotechnology Research Institute, Universiti Malaysia Sabah, Jalan UMS, Kota Kinabalu, Sabah 88400, Malaysia)
資料名： Data in Brief  (Data in Brief)
巻： 33  ページ： Null  発行年： 2020年 
JST資料番号： W3049A  ISSN： 2352-3409  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 論文で提供されたデータは,ケランタン川流域で採取した高保存価値森林,伐採森林,ゴム人工林およびアブラヤシ人工林からの細菌16S rRNA遺伝子の配列を含む。伐採された森林面積は,以前に洪水地域として知らされていない。細菌群集の全gDNAを,一対の特異的ユニバーサルプライマーを用いてV3-V4領域におけるポリメラーゼ連鎖反応により増幅した。アンプリコンをIllumina HiSeq対端プラットフォームで配列決定し,250bp対端生読取を生成した。FLASH,QIIMEおよびUPARSEのようないくつかのバイオインフォマティクスツールを用いて,OTU分析用に生成された読取を加工した。一方,R&Dソフトウェアを用いて,すべてのサンプルのための分類木を構築した。生データファイルは,シーケンスRead Archive(SRA)で利用可能であり,NCBIとデータ情報は,BioProjectとBioSample,NCBIで見つけることができる。データは,自然林と種々の土地利用の間の細菌群集の比較を示した。Copyright 2021 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 洪水 ,  伐木 ,  *土地利用 ,  *細菌 ,  *流域 ,  遺伝子 ,  アブラヤシ ,  ソフトウェア ,  人工林 ,  天然林 ,  *河川流域
準シソーラス用語： アンプリコン ,  バイオインフォマティクス ,  *メタゲノム ,  *細菌群集 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： メタゲノミクス ,  クラスタリング解析 ,  分類木 ,  土地利用 ,  Kelantan川流域

分類 (3件)： 森林生物学一般  (FF02010T) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  生態系  (EE01040P)

タイトルに関連する用語 (4件)： 河川流域 ,  土地利用 ,  細菌群集 ,  メタゲノム