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J-GLOBAL ID：202102238436967905   整理番号：21A2240201

Escherichia coli遺伝子型決定に対する新しいアプローチ【JST・京大機械翻訳】

New Approaches for Escherichia coli Genotyping

著者 (4件)： Kotlowski Roman (Department of Microbiology and Molecular Biotechnology, Faculty of Chemistry, Gdansk University of Technology, Str. G. Narutowicza 11/12, 80-233 Gdansk, Poland) ,  Grecka Katarzyna (Department of Pharmaceutical Technology and Biochemistry, Faculty of Chemistry, Gdansk University of Technology, Str. G. Narutowicza 11/12, 80-233 Gdansk, Poland) ,  Kot Barbara (Siedlce University of Natural Sciences and Humanities, Faculty of Exact and Natural Sciences, Institute of Biological Sciences, 14 Boleslawa Prusa Str., 08-110 Siedlce, Poland) ,  Szweda Piotr (Department of Pharmaceutical Technology and Biochemistry, Faculty of Chemistry, Gdansk University of Technology, Str. G. Narutowicza 11/12, 80-233 Gdansk, Poland)
資料名： Pathogens (Web)  (Pathogens (Web))
巻： 9  号： 2  ページ： 73  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7256A  ISSN： 2076-0817  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 種レベルを超えた大腸菌菌株の分化の容易,迅速,および安価な方法は,非常に必要とされる。ここでは,E.coli分離株の遺伝子型決定のための2つの新しいオリジナルツールを提案した。開発した方法の1つとして,PCR-RFLP(ポリメラーゼ連鎖反応-制限断片長多型)試験は,分子標的としてH抗原をコードする高可変fliC遺伝子を用いる。H-抗原(E.coliフラゲリン)の53の異なる血清型をコードする遺伝子の配列のin silico比較分析により,プライマーの普遍的対と最適制限酵素RsaIの選択のデザインが先行された。MLST法のための大腸菌ゲノムの標的フラグメントを大腸菌の16ゲノムの完全配列のバイオインフォマティクス解析に基づいて選択した。最初に,7つの分子標的(7対のプライマー)を提案し,それらのうちの5つはE.coli株の有効な遺伝子型決定に有用であることが分かった。両開発した方法は高い分化能を示し,試験した菌株の高い遺伝的多様性が観察された。試験した71株のグループ内で,29および47クラスターがそれぞれfliC RFLP-PCRおよびMLST法により明らかにされた。参照BOX-PCR法による菌株の分化は31の異なる遺伝子型を明らかにした。in silico分析は,新しいMLST法の識別力がPasteurとAchtmanスキームに匹敵し,Clermontによって開発された方法の識別力より高いことを明らかにした。疫学の観点から,著者らの調査結果は,ほとんどの場合,患者が,おそらく環境源から,ユニークな菌株に感染したことを明らかにした。しかし,小児科,内科および神経学の病棟の異なる患者から分離したいくつかの株は,すべての3つの方法の結果を考慮した場合,同じ遺伝子型に分類された。彼らが患者間で移されたことを示唆した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *大腸菌 ,  *遺伝子 ,  *遺伝子型 ,  抗原 ,  分化 ,  ゲノム ,  フラゲリン ,  クラスタ ,  小児科学 ,  疫学 ,  血清型 ,  DNA制限酵素 ,  PCR法 ,  RFLP
準シソーラス用語： *遺伝子タイピング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 大腸菌 ,  BOX-PCR ,  fliC ,  ポリメラーゼ連鎖反応-制限酵素断片長多型(PCR-RFLP) ,  ジェノ

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物検査法  (EG02020G)

引用文献 (34件)：

• Kaper, J.B.; Nataro, J.P.; Mobley, H.L. Pathogenic Escherichia coli. Nat. Rev. Microbiol. 2004, 2, 123-1240.
• Leimbach, A.; Hacker, J.; Dobrindt, U. E. coli as an all-rounder: The thin line between commensalism and pathogenicity. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2013, 358, 3-32.
• Lukjancenko, O.; Wassenaar, T.M.; Ussery, D.W. Comparison of 61 sequenced Escherichia coli genomes. Microb. Ecol. 2010, 60, 708-720.
• Crossman, L.C.; Chaudhuri, R.R.; Beatson, S.A.; Wells, T.J.; Desvaux, M.; Cunningham, A.F.; Petty, N.K.; Mahon, V.; Brinkley, C.; Hobman, J.L.; et al. A commensal gone bad: Complete genome sequence of the prototypical enterotoxigenic Escherichia coli strain H10407. J. Bacteriol. 2010, 192, 5822-5831.
• Croxen, M.A.; Finlay, B.B. Molecular mechanisms of Escherichia coli pathogenicity. Nat. Rev. Microbiol. 2010, 8, 26-38.

タイトルに関連する用語 (2件)： Escherichia ,  遺伝子型決定