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J-GLOBAL ID：202102239038866839   整理番号：21A0291172

競合マッピングは古代動物ゲノムデータセットにおけるヒトDNA汚染の同定と排除を可能にする【JST・京大機械翻訳】

Competitive mapping allows for the identification and exclusion of human DNA contamination in ancient faunal genomic datasets

著者 (32件)： Feuerborn Tatiana R. (Globe Institute, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark) ,  Feuerborn Tatiana R. (Archaeological Research Laboratory, Department of Archaeology and Classical Studies, Stockholm University, Stockholm, Sweden) ,  Feuerborn Tatiana R. (Department of Bioinformatics and Genetics, Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden) ,  Feuerborn Tatiana R. (Centre for Palaeogenetics, Stockholm, Sweden) ,  Palkopoulou Eleftheria (Department of Bioinformatics and Genetics, Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden) ,  Valk Tom van der (Department of Bioinformatics and Genetics, Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden) ,  Valk Tom van der (Centre for Palaeogenetics, Stockholm, Sweden) ,  Seth Johanna von (Department of Bioinformatics and Genetics, Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden) ,  Seth Johanna von (Centre for Palaeogenetics, Stockholm, Sweden) ,  Seth Johanna von (Department of Zoology, Stockholm University, Stockholm, Sweden) ,  Munters Arielle R. (Department of Organismal Biology, Human Evolution, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Pecnerova Patricia (Department of Biology, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark) ,  Dehasque Marianne (Department of Bioinformatics and Genetics, Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden) ,  Dehasque Marianne (Centre for Palaeogenetics, Stockholm, Sweden) ,  Dehasque Marianne (Department of Zoology, Stockholm University, Stockholm, Sweden) ,  Urena Irene (Department of Animal Breeding, INIA, Madrid, Spain) ,  Ersmark Erik (Department of Bioinformatics and Genetics, Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden) ,  Ersmark Erik (Centre for Palaeogenetics, Stockholm, Sweden) ,  Lagerholm Vendela Kempe (Archaeological Research Laboratory, Department of Archaeology and Classical Studies, Stockholm University, Stockholm, Sweden) ,  Lagerholm Vendela Kempe (Centre for Palaeogenetics, Stockholm, Sweden) ,  Krzewinska Maja (Archaeological Research Laboratory, Department of Archaeology and Classical Studies, Stockholm University, Stockholm, Sweden) ,  Krzewinska Maja (Centre for Palaeogenetics, Stockholm, Sweden) ,  Rodriguez-Varela Ricardo (Archaeological Research Laboratory, Department of Archaeology and Classical Studies, Stockholm University, Stockholm, Sweden) ,  Rodriguez-Varela Ricardo (Centre for Palaeogenetics, Stockholm, Sweden) ,  Gotherstrom Anders (Archaeological Research Laboratory, Department of Archaeology and Classical Studies, Stockholm University, Stockholm, Sweden) ,  Gotherstrom Anders (Centre for Palaeogenetics, Stockholm, Sweden) ,  Dalen Love (Department of Bioinformatics and Genetics, Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden) ,  Dalen Love (Centre for Palaeogenetics, Stockholm, Sweden) ,  Dalen Love (Department of Zoology, Stockholm University, Stockholm, Sweden) ,  Diez-del-Molino David (Department of Bioinformatics and Genetics, Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden) ,  Diez-del-Molino David (Centre for Palaeogenetics, Stockholm, Sweden) ,  Diez-del-Molino David (Department of Zoology, Stockholm University, Stockholm, Sweden)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-10  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 野外収集,実験室法及びハイスループット配列決定における進歩における10年間の開発後に,汚染は古代DNA研究における重要課題のままである。現在,ヒトおよび微生物汚染DNAは,古代DNAデータの費用対効果の高い配列決定および正確な解釈に挑戦を課している。ここでは,ヒト汚染DNAが古代動物相配列データセットで見出されるかどうかを検討した。配列読み取りが動物相参照ゲノムにマッピングされた後でも,ヒト汚染の可変レベルを同定した。この汚染は下流分析の範囲に影響する可能性がある。真の古代データの限られた損失で古代動物相DNAデータセットからヒト汚染の同定と除去を可能にする競合マッピングに基づく迅速で簡単な方法を提案した。この方法は,古代DNA分野のための重要なツールを代表することができた。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *DNA【核酸】 ,  微生物汚染 ,  ヒト ,  *ゲノム ,  ファウナ
準シソーラス用語： 費用対効果 ,  ハイスループット ,  古代 ,  古代DNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 古代DNA ,  DNA汚染除去 ,  古ゲノミクス ,  競争マッピング

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (50件)：

• Nature.; Instability and decay of the primary structure of DNA; T Lindahl; 362; 1993; 709-715; 10.1038/362709a0; citation_id=CR1
• Dabney J, Meyer M, Pääbo S. Ancient DNA damage. Cold Spring Harb Perspect Biol. 2013;5:a012567.
• Proc Natl Acad Sci U S A; Ancient DNA: extraction, characterization, molecular cloning, and enzymatic amplification; S Pääbo; 86; 1989; 1939-1943; 10.1073/pnas.86.6.1939; citation_id=CR3
• Nucleic Acids Res; A new model for ancient DNA decay based on paleogenomic meta-analysis; L Kistler, R Ware, O Smith, M Collins, RG Allaby; 45; 2017; 6310-6320; 10.1093/nar/gkx361; citation_id=CR4
• Proc Natl Acad Sci U S A; Complete mitochondrial genome sequence of a middle Pleistocene cave bear reconstructed from ultrashort DNA fragments; J Dabney, M Knapp, I Glocke, M-T Gansauge, A Weihmann, B Nickel; 110; 2013; 15758-15763; 10.1073/pnas.1314445110; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (10件)： 競合 ,  マッピング ,  古代 ,  動物 ,  ゲノム ,  データセット ,  ヒト ,  DNA汚染 ,  同定 ,  排除