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J-GLOBAL ID：202102240394822067   整理番号：21A0722340

単一リードシーケンシングデータにおけるアダプタのハイスループット同定【JST・京大機械翻訳】

High-Throughput Identification of Adapters in Single-Read Sequencing Data

著者 (3件)： Mohideen Asan M.S.H. ,  Johansen Steinar D. ,  Babiak Igor
資料名： Biomolecules (Web)  (Biomolecules (Web))
巻： 10  号： 6  ページ： 878  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7148A  ISSN： 2218-273X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 公共リポジトリで利用可能な配列データセットは既に数多く,それらの成長は指数関数的である。生配列データファイルはこれらのデータの実質的な部分を構成し,それらは任意の下流解析に対して前処理する必要がある。アダプター配列の除去は最初の必須段階である。単一読取配列プロトコルデータセットにおけるアダプタの自動検出に利用できるツールは,ある限界を持つ。これらのデータセットを探索するために,適切な研究論文の方法セクションからアダプタ配列に関する情報を検索する必要がある。これはメタデータ分析において時間がかかる。さらに,すべての研究論文がアダプタ配列に関する情報を提供しない。著者らは,生単一読取配列データセットにおけるアダプタ配列同定のプロセスを自動化するツール,適応フィンドを開発した。著者らは,種々の配列決定技術と様々なアダプター設計を通して,ロバストで,信頼できて,高スループットプロセスに順応する,多くの公的に利用可能なデータセットの試験を通して,適応_findを検証した。それはアダプタシーケンスの事前知識を必要としない。また,FASTQC出力から結果を固めるために,ランダムN塩基の検出に対して,ランダム_mer,読取の1つまたは末端のいずれかのランダムN塩基の検出,および高速qc_parserを生成した。まとめると,これは多重配列データセットのメタデータ分析のための貴重なツールセットである。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自動化 ,  前処理 ,  指数関数 ,  オリゴヌクレオチド ,  多重化 ,  アダプタ ,  ロバスト性 ,  *メタデータ ,  リポジトリ
準シソーラス用語： 事前知識 ,  自動検出 ,  *ハイスループット ,  研究論文 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (9件)： 454ピロシークエンシング ,  アダプタオリゴヌクレオチド ,  アダプタトリミング ,  照明 ,  イオン-Torrent ,  ランダム化アダプタ ,  単一読取配列決定 ,  低分子RNA配列決定 ,  SOLiD

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (14件)：

• Quail, M.A.; Kozarewa, I.; Smith, F.; Scally, A.; Stephens, P.J.; Durbin, R.; Swerdlow, H.; Turner, D.J. A large genome center’s improvements to the Illumina sequencing system. Nat. Methods 2008, 5, 1005-1010.
• Head, S.R.; Komori, H.K.; LaMere, S.A.; Whisenant, T.; Van Nieuwerburgh, F.; Salomon, D.R.; Ordoukhanian, P. Library construction for next-generation sequencing: Overviews and challenges. BioTechniques 2014, 56, 61-passim.
• Martin, M. Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads. EMBnet. J. 2011, 17, 10-12.
• Jayaprakash, A.D.; Jabado, O.; Brown, B.D.; Sachidanandam, R. Identification and remediation of biases in the activity of RNA ligases in small-RNA deep sequencing. Nucleic Acids Res. 2011, 39, e141.
• Simon, A. FastQC: A Quality Control Tool for High Throughput Sequence Data. Available online: https://archive.st/archive/2020/3/www.bioinformatics.babraham.ac.uk/4af3/www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc.html (accessed on 17 March 2020).

タイトルに関連する用語 (3件)： アダプタ ,  ハイスループット ,  同定