文献

J-GLOBAL ID：202102246026261587   整理番号：21A0286275

自己凝集性微小藻類Scenedesmus obliquus AS-6-11のゲノム配列決定,集合及びアノテーション【JST・京大機械翻訳】

Genome sequencing, assembly, and annotation of the self-flocculating microalga Scenedesmus obliquus AS-6-11

著者 (8件)： Chen Bai-Ling (State Key Laboratory of Microbial Metabolism, Joint International Research Laboratory of Metabolic & Developmental Sciences, School of Life Sciences and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China) ,  Mhuantong Wuttichai (Enzyme Technology Laboratory, National Center for Genetic Engineering and Biotechnology, Pathum Thani, Thailand) ,  Ho Shih-Hsin (State Key Laboratory of Urban Water Resource and Environment, Harbin Institute of Technology, Harbin, China) ,  Chang Jo-Shu (Department of Chemical and Materials Engineering, College of Engineering, Tunghai University, Taichung City, Taiwan) ,  Chang Jo-Shu (Research Center for Smart Sustainable Circular Economy, Tunghai University, Taichung City, Taiwan) ,  Chang Jo-Shu (Department of Chemical Engineering, National Cheng Kung University, Tainan City, Taiwan) ,  Zhao Xin-Qing (State Key Laboratory of Microbial Metabolism, Joint International Research Laboratory of Metabolic & Developmental Sciences, School of Life Sciences and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China) ,  Bai Feng-Wu (State Key Laboratory of Microbial Metabolism, Joint International Research Laboratory of Metabolic & Developmental Sciences, School of Life Sciences and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-14  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Scenedesmus obliquusは,グリーン微細藻類に属し,飼料として水産養殖で広く使用され,脂質生産とバイオレメディエーションのために探索されている。しかし,この微細藻類のゲノム研究は非常に限られている。微細藻類細胞の細胞自己凝集はバイオマスを収穫するための簡単で経済的な方法として使用でき,生物工学的応用を促進するために自己凝集性S.obliquus株に対するゲノム規模の研究を行うことは非常に重要である。著者らは,自己凝集微細藻類S.obliquus AS-6-11のゲノムを配列決定するための太平洋生物科学配列決定プラットフォームを採用し,de novoゲノムアセンブリのためにMECATソフトウェアを使用した。S.obliquus AS-6-11の推定ゲノムサイズは,94,410bpのN50を有する172.3Mbpであり,31,964の蛋白質コード遺伝子を同定した。遺伝子オントロジー(GO)とKEGG経路分析は,65のGO用語と428の生合成経路を明らかにした。よく研究された緑色微細藻類Chlamydomonas reinhardtii,Chlorella variabilis,Volvox carteriおよびMicractinium cererixのゲノム配列と比較して,S.obliquus AS-6-11のゲノムは,D-マンノース結合レクチンをコードする1つの遺伝子を含むよりユニークな蛋白質をコードしている。グリコシルホスファチジルイノシトール(GPI)アンカー細胞壁蛋白質をコードする遺伝子および細胞壁蛋白質に通常見出されるファシクリンドメインを有する蛋白質は,自己凝集表現型の原因であり,詳細に分析した。GPIアンカー細胞壁蛋白質とファシクリンドメイン蛋白質の両方をコードする4つの遺伝子は,さらなる研究のための最も興味深い標的である。自己凝集微細藻類S.obliquus AS-6-11のゲノム配列を注釈し,分析した。知る限りでは,これはS.obliquusゲノムの詳細な注釈に関する初めての報告であり,結果はこの重要な微細藻類の機能的ゲノム研究と代謝工学を促進するであろう。比較ゲノム分析は,グリーン微細藻類の進化への新しい洞察を提供する。さらに,自己凝集蛋白質をコードする潜在的遺伝子の同定は,そのより良い制御およびバイオテクノロジー応用に対するこの表現型の根底にある分子機構に関する研究に役立つであろう。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  脂質 ,  タンパク質 ,  表現型 ,  *ゲノム ,  *セネデスムス属 ,  ソフトウェア ,  Chlamydomonas ,  *Scenedesmus obliquus ,  サイクリン ,  バイオレメディエーション ,  *アノテーション
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  *ゲノム配列 ,  生合成経路 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： グリーン微小藻類 ,  Scenedesmus obliqui ,  ゲノム構築とアノテーション ,  比較ゲノミクス ,  細胞自己凝集

分類 (4件)： 生物燃料及び廃棄物燃料  (LB02020Y) ,  植物の栽培一般  (FC01000S) ,  植物の生化学  (EH01050J) ,  微生物代謝産物の生産  (FK03020A)

引用文献 (57件)：

• Renew Sust Energ Rev; The potential of microalgae in biodiesel production; J Chen, J Li, W Dong, X Zhang, RD Tyagi, P Drogui, RY Surampalli; 90; 2018; 336-346; 10.1016/j.rser.2018.03.073; citation_id=CR1
• Bioresour Technol; Microalgae biorefinery: high value products perspectives; KW Chew, JY Yap, PL Show, NH Suan, JC Juan, TC Ling; 229; 2017; 53-62; 10.1016/j.biortech.2017.01.006; citation_id=CR2
• Nature.; Exploiting diversity and synthetic biology for the production of algal biofuels; DR Georgianna, SP Mayfield; 488; 2012; 329-335; 10.1038/nature11479; citation_id=CR3
• BMC Genomics; A pangenomic analysis of the Nannochloropsis organellar genomes reveals novel genetic variations in key metabolic genes; SR Starkenburg, KJ Kwon, RK Jha, C McKay, M Jacobs, O Chertkov; 15; 1; 2014; 212; 10.1186/1471-2164-15-212; citation_id=CR4
• BMC Genomics; Analysis of triglyceride synthesis unveils a green algal soluble diacylglycerol acyltransferase and provides clues to potential enzymatic components of the chloroplast pathway; C Bagnato, MB Prados, GR Franchini, N Scaglia, SE Miranda, MV Beligni; 18; 1; 2017; 223; 10.1186/s12864-017-3602-0; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (7件)： 自己凝集 ,  微小藻類 ,  Scenedesmus ,  AS-6 ,  ゲノム配列 ,  集合 ,  アノテーション