文献

J-GLOBAL ID：202102247074069365   整理番号：21A0017748

Ceratocystisにおける系統ゲノム不一致:種分化への手がかり?【JST・京大機械翻訳】

Phylogenomic incongruence in Ceratocystis : a clue to speciation?

著者 (9件)： Kanzi Aquillah M. (Department of Biochemistry, Genetics and Microbiology, Forestry and Agricultural Biotechnology Institute, University of Pretoria, Pretoria, South Africa) ,  Trollip Conrad (Department of Biochemistry, Genetics and Microbiology, Forestry and Agricultural Biotechnology Institute, University of Pretoria, Pretoria, South Africa) ,  Trollip Conrad (School of Applied Systems Biology, La Trobe University, Bundoora, Australia) ,  Trollip Conrad (Agriculture Victoria Research, Department of Jobs, Precincts and Regions, AgriBio Centre, Bundoora, Australia) ,  Wingfield Michael J. (Department of Biochemistry, Genetics and Microbiology, Forestry and Agricultural Biotechnology Institute, University of Pretoria, Pretoria, South Africa) ,  Barnes Irene (Department of Biochemistry, Genetics and Microbiology, Forestry and Agricultural Biotechnology Institute, University of Pretoria, Pretoria, South Africa) ,  Nest Magriet A. Van der (Department of Biochemistry, Genetics and Microbiology, Forestry and Agricultural Biotechnology Institute, University of Pretoria, Pretoria, South Africa) ,  Nest Magriet A. Van der (Biotechnology Platform, Agricultural Research Council, Pretoria, South Africa) ,  Wingfield Brenda D. (Department of Biochemistry, Genetics and Microbiology, Forestry and Agricultural Biotechnology Institute, University of Pretoria, Pretoria, South Africa)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 21  号： 1  ページ： 1-11  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Ceratocystidaceae属の属であるCeratocyctisの分類学的歴史は,疑問と議論でセットされている。これは,分類学的境界の解釈のための異なる基盤を提供する,通常用いられる種認識概念(例えば,形態学的および生物学的種概念)の多くに起因する。Ceratoocystisにおける種描写は,多重標準分子マーカーを用いた遺伝子学的一致系統発生種認識(GCPSR)に主に依存する。これらのマーカー(例えばITS,BTおよびTEF1-α)の有用性に関しては,ITSにおけるゲノム内変異の証拠,特に,種のラテンアメリカクレード(LAC)と呼ばれるグループに存在する分離株について,遺伝子学的不一致が生じている。本研究では,Ceratocystisにおける系統発生不一致の程度を調べるための系統ゲノミクスアプローチを適用した。全部で1121の共有BUSCO遺伝子のPhyloゲノム解析は,特にLAC内のCeratoocystis内の広範な不一致を明らかにし,これは3つの等しく表されたトポロジーにより類型化された。個々の遺伝子樹木の比較分析は,ハイブリダイゼーションを示す進化パターンを明らかにした。1069の共有BUSCO遺伝子から成る連結データセットから生成された最尤系統樹は,Ceratocyctisの系統発生における多重遺伝子マーカーの必要性を示唆する系統発生分解能を改善した。本研究における単一遺伝子系統間で観察された不一致は,種描写に対する単一または少数の分子マーカーの有用性を疑問視する。本研究は種間交雑の証拠を提供するが,不一致の源としてのハイブリダイゼーションの役割は,この最近分岐した系統における高レベルの共有祖先多型により説明できるので,更なる研究を必要とするであろう。本研究はまた,系統ゲノム研究のための複数のオルソログ遺伝子のセットとしてのBUSCO遺伝子の有用性を強調する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 位相幾何学 ,  最尤法 ,  遺伝子 ,  系統樹 ,  系統発生 ,  *ゲノム ,  多重化 ,  *Ceratocystis ,  *種分化
準シソーラス用語： 遺伝子マーカ ,  ゲノミクス ,  分子マーカー ,  オルソログ遺伝子 ,  分類学 ,  分離株 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Ceratocystis ,  不一致 ,  ハイブリッド化 ,  系統ゲノミクス

分類 (1件)： 動物分類学  (EJ01030T)

引用文献 (69件)：

• Syst Biol; The evolutionary species concept reconsidered; EO Wiley; 27; 1978; 17-26; citation_id=CR1
• Fungal Genet Biol; Phylogenetic species recognition and species concepts in fungi; JW Taylor, DJ Jacobson, S Kroken, T Kasuga, DM Geiser, DS Hibbett, MC Fisher; 31; 2000; 21-32; 10.1006/fgbi.2000.1228; citation_id=CR2
• Fungal Biol Rev; Fungal species and their boundaries matter - definitions, mechanisms and practical implications; ET Steenkamp, MJ Wingfield, AR McTaggart, BD Wingfield; 32; 2018; 104-116; 10.1016/j.fbr.2017.11.002; citation_id=CR3
• Tree Thinking: An Introduction to Phylogenetic Biology; 2013; CR4; DA Baum, SD Smith; citation_publisher=Roberts and Company Publishers, Inc.
• DNA Barcodes; DNA barcoding, species delineation and taxonomy: a historical perspective; N Hubert, R Hanner; 3; 2015; 44-58; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： Ceratocystis ,  系統 ,  ゲノム ,  種分化 ,  手がかり