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J-GLOBAL ID：202102247466506659   整理番号：21A0722313

シグナル伝達ネットワーク活性の代理としての遺伝子発現プロファイルを仮定できるか?【JST・京大機械翻訳】

Can We Assume the Gene Expression Profile as a Proxy for Signaling Network Activity?

著者 (8件)： Piran Mehran (Bioinformatics and Computational Biology Research Center, Shiraz University of Medical Sciences, Shiraz P.O. Box 71336-54361, Iran) ,  Karbalaei Reza (Department of Biology, Temple University, Philadelphia, PA 19122, USA) ,  Piran Mehrdad (Department of Tissue Engineering and Applied Cell Sciences, School of Advanced Technologies in Medicine, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran P.O. Box 14177-55469, Iran) ,  Aldahdooh Jehad (Research Program in Systems Oncology, Faculty of Medicine, University of Helsinki, 00270 Helsinki, Finland) ,  Mirzaie Mehdi (Department of Applied Mathematics, Faculty of Mathematical Sciences, Tarbiat Modares University, Tehran P.O. Box 14115-134, Iran) ,  Ansari-Pour Naser (Big Data Institute, Nuffield Department of Medicine, University of Oxford, Oxford OX3 7LF, UK) ,  Tang Jing (Research Program in Systems Oncology, Faculty of Medicine, University of Helsinki, 00270 Helsinki, Finland) ,  Jafari Mohieddin (Research Program in Systems Oncology, Faculty of Medicine, University of Helsinki, 00270 Helsinki, Finland)
資料名： Biomolecules (Web)  (Biomolecules (Web))
巻： 10  号： 6  ページ： 850  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7148A  ISSN： 2218-273X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 発現プロファイル分析による遺伝子産物間の関係の研究は,システム生物学における一般的なアプローチである。多くの研究が中心イヌマ情報フローの異なるレベルに対する結果を一般化し,転写物と蛋白質発現レベルの相関を仮定した。しかし,それらの発現プロファイルに対する遺伝子産物の様々な相互作用(すなわち活性化と阻害)の間の関係は広く研究されていない。事実,差次的発現遺伝子による摂動の探索は一般的なアプローチであるが,シグナル伝達経路の活性に対する変化した発現の影響はしばしば無視されている。この研究では,遺伝子発現の有意な変化が,必ずしも調節不全シグナリング経路を生じるかを検討した。4つの一般的に使用されるおよび包括的なデータベースを用いて,著者らは,すべての関連した遺伝子発現データと直接連鎖した遺伝子対の間のすべての関係を抽出した。著者らは,遺伝子発現レベルならびに遺伝子対間の因果関係との一貫性または符号一貫性の比率を評価することを目的とした。ランダム非連結遺伝子対との比較を通して,シグナル伝達ネットワークがインコヒーレントであり,記録された発現プロファイルと矛盾しないことを示した。最後に,摂動シグナリング経路を推論するために,特に転写レベルで,遺伝子産物発現データに加えて,関係のタイプを考慮する必要があることを示した。差次的発現遺伝子を介した濃縮生物学的過程の同定は,調節不全経路を推測する試み時に制限されることを主張した。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  データベース ,  *ネットワーク ,  *遺伝子 ,  摂動 ,  *遺伝子発現
準シソーラス用語： システム生物学 ,  トランスクリプトーム解析 ,  遺伝子産物 ,  蛋白質発現 ,  伝達経路 ,  生物学的過程 ,  差次的遺伝子発現 ,  *シグナル伝達ネットワーク ,  遺伝子発現データ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 遺伝子発現 ,  シグナル伝達ネットワーク ,  ネットワーク生物学 ,  トランスクリプトミクス ,  差次的発現遺伝子 ,  因果律解析

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (41件)：

• Liu, A.; Trairatphisan, P.; Gjerga, E.; Didangelos, A.; Barratt, J.; Saez-Rodriguez, J. From expression footprints to causal pathways: Contextualizing large signaling networks with CARNIVAL. NPJ Syst. Biol. Appl. 2019, 5, 40.
• Ma’ayan, A. Introduction to network analysis in systems biology. Sci. Signal. 2011, 4, tr5.
• Hecker, M.; Lambeck, S.; Toepfer, S.; Van Someren, E.; Guthke, R. Gene regulatory network inference: Data integration in dynamic models-A review. Biosystems 2009, 96, 86-103.
• Shipley, B. Cause and Correlation in Biology: A User’s Guide to Path Analysis, Structural Equations and Causal Inference with R; Cambridge University Press: Cambridge, UK, 2016.
• Bansal, M.; Belcastro, V.; Ambesi-Impiombato, A.; Di Bernardo, D. How to infer gene networks from expression profiles. Mol. Syst. Biol. 2007, 3, 78.

タイトルに関連する用語 (4件)： シグナル伝達ネットワーク ,  活性 ,  遺伝子発現プロファイル ,  仮定